灭亡后，帝王诸陵遭到数回穷凶极恶的盗掘洗劫，以致陵废尸毁。其中元世祖至元二十一年（1284年），时任江南释教都总统的西域僧人杨琏真伽，先将诸陵一一盗挖，盗走随葬的各种珍宝，其后又将陵中诸帝的遗骸，杂以牛马枯骨，埋于临安的故宫中，又在上面筑一高十三丈的白塔压之，塔名“镇本”，以示宋人永世不得翻身之意。厉鹗、沈嘉辙等人撰著的《南宋杂事诗》有云：
“故宫思见旧冬青，一塔如山塞涕零。领访鱼影香骨案，更从何处哭哭灵。”
后世袁宏道亦曾作文叹道：
“冬青树，在何许，人不知，鬼应语。杜鹃花，那忍折，魂虽去，终啼血。神灵死，天地暗，伤心事，犬儿年。钱塘江，不可渡，汴京水，终南去。纵使埋到崖山崖，白骨也知无避处。”
自元以降，南宋诸陵虽偶有修葺，却也难逃陨圮隳残的命运。斗转星移，当年的巍巍皇陵，气派何等的恢宏，终是荡为寒烟，消逝在缅邈的历史尘雾之中了。