斯特文斯基也没办法只能命令官兵回舰，至于被警察局抓捕的官兵，在缴纳了高额的保释金之后，才被放回了船。
罗杰斯特文斯基随后起程，带着庞大舰队向海参崴而去。不过期好歹还是有海战常识，知道庞大的辅助船只只会拖累自己的脚步，所以在离开马尼拉之后，除了留下四艘速度较快的运输船以及两艘医疗舰之外，其他辅助船只都放行了让其离开。
而俄国舰队从马尼拉出发的消息，很快就被日本得知。
联合舰队集中所有战舰早已摩拳擦掌，等待东来的俄军并给予痛击。在这里多说一句，两艘热那亚级战列舰，终于在俄舰从马尼拉出发前被修复了。多出两艘战列舰的东乡平八郎当然是喜出望外，这下他把握更大了。
6月12日夜，罗杰斯特文斯基带着俄国舰队悄悄的打算穿过对马海峡，不过日本武装商船却发现了俄国舰队中的一艘医护船。虽然罗杰斯特文斯基下令实施灯火管制，可是这一艘带着贵妇的医护船却因灯火辉煌而被日舰发现。经过一番仔细的判定后，这艘武装商船发出了发现俄国舰队在向东北航行的电报。
而得到俄舰消息之后，联合舰队全员出动，最终在13日清晨发现了俄国舰队。于是在对马海峡，一场二十世纪最大海战就此展开。
接下来东乡平八郎在旗舰日本三笠号战列舰上升起了z字旗，下达了那道著名的命令，皇国兴废在此一战，各员一同奋励努力。
这场海战从上午十一点开始，一直持续到入夜。经过一番艰苦的海战，联合舰队获得的这场海战的胜利。击沉俘获俄舰四十多艘，人员死亡5879人，被俘7137人。
由诺伯加托夫少将率领俄舰鹰号（原意大利加里波第级弗朗西斯科号）、奥斯利雅维亚号（原意大利热那亚级博洛尼亚号）、尼古拉一世号、奥瑞尔号、阿普拉克辛号、辛亚文号、伟大的西索伊号、纳瓦林号、纳希莫夫将上号及巡洋舰绿宝石号向海参崴方向逃逸。
而安克威斯特少将在入夜前早已脱离战场，率领奥尔济号巡洋舰、阿芙乐尔号巡洋舰和珍珠号航向南方，最后驶到马尼拉被解除武装。
庞大的俄国第二太平洋舰队，剩下的战舰总吨位不过九万多吨，而且基本都是一些老旧的战舰为主。可谓大输特输，已经没有了还手之力。
当然联合舰队获得这场海战胜利也不是没有付出代价，敷岛、八云、浅间、高千穗、镇远等十余艘战舰，在该海战中被击沉。日军伤亡2741名官兵，损失吨位4万多吨。
造成联合舰队比历史上伤亡更大，主要有两方面的原因。一是俄国舰队因为在马尼拉修整时间较长，所以士气得到一定恢复。二来俄国战舰数量较多，而且也吨位也占优，所以有一试高下的想法也纯属正常。
而海陆两方面遭到重创，让俄国已经看不到获胜的希望。而此时俄国内部也出了问题，原本俄国国内就革命情绪高涨，俄