海运也偶然会重启，但漕运始终还是主流。
这一情况直到高拱当政那段时间，由于彼时黄河不断泛滥，漕运动不动就便堵塞不可行，严重威胁了京师及九边粮食安危，这才不得已重新实施了“河海并行”的策略。这个策略的特点是不废除漕运，但加强海运输送。
本质上来讲，高拱当时是“漕运为主，海运为辅”，至于实际运粮比重，大抵是漕运约占五分之三，海运约占五分之二。
郭朴时期萧规曹随，这个局面大致没有变化；张四维时期基本也没调整，但进一步加强了海运物资的种类，把南方不少实物贡赋也放进了海运。比如江南某地御贡茶叶、丝绸这一类。这样一来，海运的总运输量虽然增加不明显，但运输价值明显大有提升。
到了申时行时期，他面临严重的纠结，因为心学派内部对于这件事出现了地域争议。
南直隶长江以北的地区包括扬州、淮安等地，坚决要求申时行提高漕运比例；长江以南的地区包括南京、杭州乃至于淞沪老家，则强烈要求增加海运规模，尤其要求申时行确保高价值产品走海运而不能走漕运。
为什么会发生这种争议？其实不难解释，利益罢了。不过此处还是得先说一下大明的漕运体系到底是怎么运行的，这个争议才好说清楚。
漕运体系刚开始被视为军事工程，运送粮饷的人员都是军人，由前海运总督陈煊出任漕运总兵官，他一直担任这个职务长达三十年。
英宗正统四年(1439年)，朝廷以济宁为界，南北各设一名侍郎管理漕运；次年设置由文官担任的漕运总督统筹事宜，其军事管理职能大大降低。漕运总督不设置固定的办公地点，不定期巡视临清、济宁、徐州、扬州等地的漕运行署衙门。
宣德以后武官漕运权被文官取代，实行文武双轨制，但实际上作为拥有超大权力的漕运总督是地位远远高于漕运总兵的。到了万历年间，由于海运兴起，占了五分之二比重，漕运总兵废除，一切事宜均由文官负责。
漕运总督地位极高，原历史上大明朝有99位曾任漕运总督的官员，其中30余位后来都入阁拜相。
由于大明财政体系设计得十分差劲，全国税收绝大多数来自于土地税，而同时农业税率又偏低，所以国家财政收入基本不会超过3000万(实物粮税被等价计算的情况下)。这3000万有1200万被地方政府截留，北方上缴的800万直接供应九边军队，剩下1000万在南方征收后经过漕运输送820万到北京。
漕运方式经历了多次改革，永乐十三年到宣德五年实施的是“支运法”。停止海运后，粮食仅通过运河输送，然而运河的输送量是有限的，于是朝廷就要求各地将上缴的粮饷运到淮安储备起来，然后分批输往北京——你看，淮安为什么要求提高漕运比例，答案的主要部分就在这里。
宣德五年至成化七年实施“兑运法”，此时