荫子的封妻荫子，甚至也列为忠烈。
幸存者也予以照顾。
朱由校主要是让韩爌负责此事。
因为韩爌算是朱由校现在统治体系中的重臣里，相对不怎么聪明有手段，而又听后懂事的人。
再加上韩爌之前本就属于东林党一派，江南的士绅对其也比较有好感。
所以，朱由校相信让韩爌来安抚江南士民，宣扬皇帝恩德是易被这些人接受的，而以韩爌的能力，这些江南士民即便因此对韩爌很尊崇，而韩爌也因此获得很大的名望后，也不会像叶向高一样，善于用自己的名望来操控君王和朝政。
韩爌是来江南唱红脸的，安抚人心，布散恩德，兴修工程，促进民生。
而按照朱由校的安排，熊廷弼则是来江南唱白脸的，是充当刚硬铁血的杀神角色。
所以，朱由校让熊廷弼负责残酷镇压叛乱士绅的事，并让熊廷弼对这些叛乱士绅不论轻重，其本人和族人成年男丁、家奴一律处死，而妇幼则发配辽东种土豆。
“杀！”
熊廷弼一声令下。
一排长矛在边军士兵的手里朝站成一排的叛乱士绅及其族人中的成年男丁和家奴全部刺了过去。
噗呲！
这些人被直接处死。
接下来第二批，一时间，整个刑场的地好些天都是红的。
当然，黄尊仪这样的主犯自然要遭受更严酷的处决。
“黄尊仪！你擅自挂冠离去，目无君上，后来滋扰驿站，指使家奴打死驿丞，现在更是威胁他人谋反，甚至亲自让族人造反，你的罪恶简直是罄竹难书！你有今日之下场，也是你自己咎由自取！”
熊廷弼对黄尊仪做了最后的几句点评，然后将令牌一丢：“行刑！”
“啊！”
很快黄尊仪就惨叫了起来，且依旧骂道：“朱由校，你这个暴君！自古以来，礼不下庶人，刑不上大夫，士大夫挂冠离去，乃不慕名利之气节表现，结果你却硬说这是欺君大罪！你这个暴君，你比你家先祖朱重八还不讲道理！苍天无眼啊！”
熊廷弼也奉旨对许多因叛军作乱而跟着一起打家劫舍的地痞流氓也予以了严惩，且着令各部边军将所有查明有犯罪事实的地痞流氓哪怕只是抢劫了一斗米的也一律处斩。
而朱由校也让熊廷弼负责对还在南京城以外的叛军进行围剿。
这些叛军接连落败。
根本挡不住熊廷弼的围剿。
毕竟熊廷弼作为和东虏对峙数年的辽东经略，又统率着帝国最能打的精锐，而这些叛军又不得民心，自然不是对手。
对于这些叛军，熊廷弼也不手软，即便抓了后就会直接处死。
所以，一时间熊廷弼的凶名在江南传播起来。