司、交通司、教育司、四个司，也全部升格为部。其中商贸司改为商部、农业司改为农部，交通司为交通部，教育司为教育部。以后商业上的发展规划、法律条例研定什么的，都由商部主导，农部则是负责农事的播种、收割以及田亩的登记，还有新品种的培育和对普通百姓的种植技术的教导，都是他们的份内之事。
交通部则顾名思义，负责明国疆域内的官道、桥梁、河运、港口河运与近海水运。还有国外承接的官道工程，例如汗庭要求的水泥官道，也是要由交通部来承接。
教育部还是干着以前的事情，只不过此次升格，会导致明国出现首位女性尚书。这还是自唐朝武则天时代结束后，首次有女性当上这样的大官。
在这些原由的机构外，兀鲁图斯还增设了此前没有的税部，也就是综合一切税收事宜，并且成立税收稽查队，是等同于治安军这样的地方武装力量，有权对任何违法抗税、偷税漏税的官员或百姓动用武力。
还有一个统计部，就是对明国国内的各种数据进行统计，从而横向纵向的比对，以便兀鲁图斯能更清楚的了解明国的实际发展状况。暂时该部由兀鲁图斯亲自担着，主要人选从内阁中抽调。
至于吏部这个在很多国家和朝代都存在的部门，此次还是没有增设。原本属于吏部的官员升迁调动权利，被划分给了枢密院的不同尚书直领。虽然由此会带来一些效率的底下，但却限制了个别官员的权利独大。
兀鲁图斯还是非常忌惮有人完全掌握了官员的升迁考核权，从而影响到了自己的权利的。
这里的旨意传回上京时，正为着商业整顿和安置移民、维稳高丽和征伐倭国忙得团团转的百官们，又再次被加上了重担，开始遵照兀鲁图斯的旨意，帮着调整朝廷机构了。