营养物质的有机化合物，当然富含氧气的空气也是必不可少的。而这时，帕杰罗科学家们并没有在短期改造星球的能力，他们只能把希望寄托于奇迹。
于是，震惊帕杰罗文明的大事件就在这种背景下发生了，两万名科学家乘坐着初始号飞上了太空，从此再也没有出现过，留给帕杰罗文明的只有一束橙色尾焰。
两万名科学家的出逃震惊了整个帕杰罗文明，他们都是科学界的精英，一下子从帕杰罗文明中消失，这样巨大的人才空缺，必然会导致帕杰罗文明的退步。大量的科学研究停滞下来，各种高端机械没有技术人才操纵，更加严重的是，那个时候帕杰罗文明的农业大部分采用了转基因育种的方法，由于缺少科学家们培育种子，当年，帕杰罗的农夫们甚至没有足够的种子洒进田地里，没有了种子也就没有了食物，于是大饥荒发生了，短短两年，足有两亿帕杰罗人缺少足够的食物而死亡。
在这种情况下，帕杰罗人也明白过来，帕杰罗军事派对帕杰罗科学派的打压并不是和他们毫无关系，于是一场规模浩大的反抗行动爆发了。军事派的簇拥着和科学派的簇拥着在此后长达五百年的时间里，互相攻击，整个文明正式被撕裂。
虽然帕杰罗军事派掌控了帕杰罗文明的大部分武器和战机，可以横扫任何一个反抗势力，但是操纵那些武器的也是帕杰罗人，而帕杰罗人需要食物。于是随着时间的发展，越来越多的帕杰罗人意识到帕杰罗军事派打压帕杰罗科学派是一个错误的决定，越来越多的人认为应该由帕杰罗科学派统治帕杰罗文明。就这样随着时间的推移，那些残存下来的科学家逐渐掌控了全局，当他们把那些投诚的帕杰罗军事人员纳入麾下的时候，帕杰罗科学家们知道反攻的时刻到了，他们经过上次的教训，早已放弃了和军事派妥协的想法，于是一场更加残忍的攻击开始了。
一队队帕杰罗军人被派出去执行任务，他们的命令只有一个，就是把军事派首领的脑袋带回来。没错，科学家总是理性的，他们不认为活着的军事派首领有任何价值，反而会产生不必要的麻烦。科学家们可以在簇拥者的保护下幸存下来，并且发动绝世大反攻，那么军事派的首领也可以这样做，所以最好的做法就是斩草除根。
于是，一场大屠杀产生了，屠杀的对象除了帕杰罗军事派的首领，还有那些军事派的附庸，并且随着时间的推移，屠杀的规模越来越大，很多和帕杰罗军事派有稍许关联的人也上了屠杀名单。
一时间，整个帕杰罗星都淹没在鲜血中，连空气中都弥漫着血腥的味道。
终于，当最后一个与帕杰罗军事派有关系的帕杰罗人的脑袋坠入河水中后，这场大屠杀才算落下帷幕，从此之后帕杰罗科学院正式掌控整个帕杰罗文明。
科学院进行了内部选举，十位在战争中有卓越贡献的科学家被选举为元老科学家，他们被赋予大科学家的名号。
当然，帕杰罗科学院的大科学家们也没