有升高胆固醇作用的化合物咖啡醇的浓度很高；espresso特浓咖啡和摩卡壶现煮咖啡内的咖啡醇浓度居中；而滴滤咖啡、速溶咖啡和渗滤咖啡内的咖啡醇浓度可忽略不计。在随机试验中，与过滤的咖啡相比，大量饮用未过滤咖啡（中位数，每日6杯）会使低密度脂蛋白胆固醇水平增加，预计主要心血管事件风险增加11%。相反，过滤的咖啡未增加血清胆固醇水平。因此，限制饮用未过滤咖啡和适量饮用espresso特浓咖啡可能有助于控制血清胆固醇水平。
人体实验和队列研究表明摄入咖啡因与心房颤动不相关。研究一致表明，在一般人群或者有高血压、糖尿病或心血管疾病史的人群中，与不饮用咖啡相比，每日饮用多达6标准杯含咖啡因的过滤咖啡与冠心病和卒中这些心血管结局的风险增加不相关。实际上，饮用咖啡与心血管疾病风险降低相关，每日饮用3～5杯咖啡时心血管疾病风险最低。观察性结果表明，饮用咖啡与冠心病、卒中及心血管原因死亡风险呈负相关。
体重管理、胰岛素抵抗和2型糖尿病
代谢研究提示，咖啡因可通过降低食欲以及提高基础代谢率和食物引起的生热作用来改善能量平衡。在队列研究中，咖啡因摄入量增加与长期体重增幅略微减小相关。来自随机试验的有限证据也支持咖啡因对体脂的小幅有益作用。然而，热量高的含咖啡因饮料（例如软饮料、能量饮料、加糖的咖啡或茶）可能会导致体重增加。
饮用含咖啡因的咖啡（每日4～5杯）长达6个月并未影响胰岛素抵抗。此外，在队列研究中，习惯性饮用咖啡与2型糖尿病风险降低之间存在剂量-反应关系，且含咖啡因的咖啡和脱咖啡因的咖啡与2型糖尿病风险之间的关系相似。综上所述，这些研究结果提示，咖啡因对胰岛素敏感性产生的不良效应可被身体耐受，或者上述不良效应被非咖啡因成分对葡萄糖代谢的长期有益效应（可能是在肝内）所抵消。
癌症和肝脏疾病
许多前瞻性队列研究提供了强有力证据，证明饮用咖啡和摄入咖啡因与癌症发病率增加或癌症死亡率增加均不相关。饮用咖啡与黑色素瘤、非黑色素瘤皮肤癌、乳腺癌和前列腺癌的风险小幅降低相关。研究发现，饮用咖啡与子宫内膜癌和肝细胞癌风险呈较强负相关。对于子宫内膜癌，饮用含咖啡因的咖啡和脱咖啡因的咖啡时上述关联相似，而对于肝细胞癌，饮用含咖啡因的咖啡时上述关联似乎更强。
咖啡还与肝脏健康的其他方面（包括反映肝损伤的酶水平较低，以及肝纤维化和肝硬化风险较低）相关。此外，咖啡多酚可改善脂肪的体内平衡和减少氧化应激，并通过这一方式防止肝脏脂肪变性和纤维发生。
结石病
饮用咖啡与胆结石和胆囊癌风险降低相关，而且与脱咖啡因的咖啡相比，含咖啡因的咖啡与上述风险降低之间的关联更强，这提示咖啡因可能起到保护作用。饮用咖啡可抑制胆囊液体吸收、增加