二零零四年
葛城美里顺利的提升了一个年级，今年的她正好是高二 ，估计明 年 她就可以在东方归一的安排下考到长野的第二新 东京市的第二东京大学………而赤木律子今年则是考到了第二东京大学 ，比葛城美里抢先了一步 。
毕竟之前的东京和东京大都是被水给淹了，所以在长野那一边建立了一个第二新东京，同理原东京大也就是成了第二东京大 。
而同样在这一年，初号机进入了第一阶段临床实验，碇唯和冬月老司徒的计划 也开始了，说是计划，不过就是两个人之间的秘密罢了，碇唯知道的未来一定会发生补完，所以便把自己故意的融和到了初号机，成为了初号机的灵魂，当然这都是后话 。
箱根的地底第二实验室
今天是初号机的第一次启动实验，同时也是人类第一次启动eva的第一天 。
虽然说零号机已经制造完成了，但是零号机并不是打算进行实战的，所以并没有进行第一次的启动实验，而是使用技术稍微成熟一点，并且用莉莉丝的肉体制造的初号机 。
“决定了吗？唯 ，你真的打算进行那个事情吗？ 即使知道会死………你也要 。”
东方归一此时正在与一个棕色头发、身着白色大褂的女人对话，虽然话是在询问，但是却听不出任何的情感 。
“我已经 决定了，东方委员，第三次冲击迟早会来，selee的人类补完计划………为了人类的未来，同时也是为了 让真嗣看到人类光明的未来。”
“既然你执意如此，我在什么说也是没有用了 ，祝愿你计划顺利吧………… ”
东方归一是知道碇唯是不会听自己的劝的，但是他还是多嘴了，虽然说碇唯如果真的听了他的话不进行实验会改变未来，但是那也还是有些意思的 ，有碇唯的未来 ………不过结果也还是一样，碇唯还是执意将自己的灵魂融和进 初号机 。
人的执念这种东西可是很强的，一个人如果真的执意想要做一件事，那么言语的劝解是没有用的，甚至于说死亡的无法阻止 。
“在走之前我还有一个问题，东方委员你到底是怎么知道………是冬月 ”
没等到碇唯说完，东方归一便缓缓开口道 ：“不 ，只是一开始就知道你的计划罢了，甚至于在你之前就已经知道了你的计划 ，至于冬月，你放心，那家伙就现在来说就算是丢了老命也不会泄露给selee的 。”
“一开始就知道我的计划吗？东方委员的身份真的是越来越神秘了 。”
碇唯只能轻笑一声，到最后她也没能弄明白东方委员是怎么知道的她的计划的以及他的身份吗？
“ 这个东西会在你进入初号机以后 暴走的时候让你保持一丝的理智，或者是与我沟通的机会 ，就算是对你啰嗦的赔礼了 。”这时，东