虽然海运停了，但实际困难摆在那里，北方粮食不够用怎么办？弘治年间为了缓解北方的粮食危机，有官员再一次提出重启海运，不过这一次官员学鬼了，并不是将漕运停止，而是漕海并行。
从此以后海运时开时停，最近的一次开放海运是隆庆新政时期，但随着张居正去世，海运也就跟着停止了。不过官家的海运停止，民间的海运却没有停，海运相比漕运有着成本优势，很多商家为了降低成本，私底下还是用海运来运输粮食。
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