顺治驾崩后，其陵寝定于清东陵之孝陵。经礼部和内阁大臣们商议，谥号体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝，庙号世祖。
以索尼为首的四位辅政大臣在灵前盟誓：“先帝不把索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜等视为无能之人，遗诏之中托付大事给我们，要我们辅佐幼主。索尼等誓死忠于幼主，四人共生死，辅佐幼主处理政务。不私亲戚，不计怨仇，不听旁人及兄弟子侄的教唆之言，不求无义之富贵，不私往来诸王贝勒等府受其馈赠，不结党羽，不受贿赂，以忠心报答先帝的大恩。如果以后为一己之私，有违背这个誓言，上天定会降下灾祸，将我们诸除。”
国不可一日无君，孝庄太后怕日久生变，没有让玄烨按照遗诏二十七日后再即位登基。而是让礼部和四位辅政大臣匆忙布置登基大典，让玄烨明日便登基称帝。
顺治十八年（公元1661年）正月初九，八岁（虚岁，周岁仅六岁）的玄烨按照孝庄太后的安排，在太和殿举行登基大典，接受百官三叩九拜，登基称帝，年号康熙。
尊祖母昭圣皇太后（孝庄）为太皇太后，称昭圣太皇太后。
尊嫡母为母后皇太后，上徽号曰仁宪皇太后；
尊生母庶妃佟氏为圣母皇太后，上徽号曰慈和皇太后。
之后，玄烨穿孝服在顺治灵前守孝二十七日。
事后便每日前往上书房继续读书，陈廷敬也成为了帝师。
因为玄烨已登皇位，二阿哥福全不再在上书房读书，陈廷敬便只教导玄烨一人。
孝庄太后安排内廷侍卫倭赫做玄烨的贴身侍卫，还派了太监李德全以及苏麻喇姑侍奉他的起居。
四位辅政大臣按部就班，遵循誓言，替玄烨处理朝政，倒也兢兢业业。
他们在军事上继续扫荡南明残余势力；
经济上通令各地安插流民，提倡垦荒，开奖励条例，采取一系列恢复发展农业生产的措施；
政治上整顿吏治，定考核，严奖罚，加强对各级官吏的监督，扫除前明的贪腐之风。
每日早朝，玄烨都会前往太和殿，听取四大辅政大臣和百官奏报朝政之事。
同年四月，东南福建的郑成功，在北伐南京失利后，元气大伤。
他自知在大陆再也难以立足，便留下儿子郑经防守厦门、金门，郑成功亲率将士二万五千、战船数百艘，自金门料罗湾出发，经澎湖，横渡台湾海峡，向台湾进军。
想要驱赶走侵占台湾的荷兰人，占据岛屿，以此为根据地修生养息，之后再图反清复明之大业。
清廷得知消息后便让镇守福建的靖南王耿精忠趁机出兵进攻厦门的郑经。郑经自知不敌，仓皇退守到金门。
而云南这边，定西将军爱星阿同平西王吴三桂攻入缅甸，缅甸王莽达之弟莽白乘机发动政变，