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这样做的后果就是大军团的基础不复存在，明军成了分割零碎，以将门为主，私兵家丁为主要战斗力的小规模的军事集团。
因为将领所领兵马极少，彼此又多牵制，所以朝廷不必担心有将领能一呼百应，率大军挟制朝廷，或是太阿倒持，将领威胁朝廷统治的事发生。
兵权分割碎裂，后勤和战略指挥在文官之手，将领成了带私兵冲阵的纯粹武夫。
这种局面在嘉靖之后越来越严重，也使得明军出现全面型将领的可能越来越小，只能依赖懂得军事的文官为主帅。
兵为将有，贪污舞弊横行，军队正兵毫无战力，形同乞丐，将领只依赖家丁。
朝廷越来越依赖募兵，财政压力持续加重。
当募兵制由于财政困难越来越难保持战斗力和大军团做战，屡战屡败导制财政更加困难。
更加困难的财政导致对将领约束失效，又因为兵为将有，朝廷无法调度约束时，崇祯年间的大崩盘便随之而来了。
其实一切问题和麻烦，都是财政问题。
大明的毛病就是破坏了原有的体系，又没有建立更合理的新体系，新旧夹杂交错，缝缝补补撑了二百多年，也算是奇迹。