司对待某些知道过多科学家的方式，为了活命alex偷取了一小瓶病毒样品，希望以此为筹码换取自由，却在车站遭遇了前来拦截的便衣特工。走投无路的艾历克斯墨瑟摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。
由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。艾历克斯墨瑟在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上艾历克斯尸体之后对其外形及性格的继承，游戏标题“原型体”也指的是他。在游戏的某关，也可以听到将军的话：“不！已经不能用他来称呼！应该是它！”后来的电话中，也可以看到艾历克斯和他的“合作者”的对话：“啊…你已经不是人类了，你是黑色守望者的病毒而已。”
游戏越发展下去，游戏的内涵也就越明了：人类对于自己犯的错误只是掩盖再掩盖，实在掩盖不住了，就不惜代价毁掉。而刚刚出生1八天的病毒“alex”却知道要保护某些东西：保护自己的“妹妹”，保护人类文明不被毁灭。
不知多久的沉默之后我和师母再次四目对视，我忍不住大声问道，“师母难道在实验室里发现了某种远古病毒的踪迹？教授这次来大熊山的真正目的并不是天熊而是病毒？”