p> 同年八月，由宇智波斑的堂兄宇智波源一任宇智波族长，为亲千手派，宇智波斑在时一直被压制，宇智波一族与千手进入合作的高峰期。
同年十一月，日向一族的笼中鸟封印被漩涡一族研究者成功加强，从此更加深入灵魂、难以剥离，日向一族承情，与漩涡一族更加交好。
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木叶五年。
四月，扉间成立暗杀战术特殊部队，第一批从忍者学校毕业的人员大多入选，宇智波一族亦入选四人，木叶开辟了除立功、家族培养外的第三条忍者高等培养道路，平民、小忍族忍者力量自此抬头。
同年七月，火之国西北与东北武士起兵反叛，猿飞佐助与千手桃华领军平叛，木叶村内力量下降。
八月初，雷之国趁机以助霜之国之名攻打沙之国，约盟土地平分，千手桃华压力倍增，宇智波源一率族人驰援，宇智波刹那一脉留木叶，多代职，趁机壮大。
十月末，宇智波斑携九尾来袭木叶，千手柱间苦劝，无果，引宇智波斑出村战斗。
西北叛乱处被战斗余波抹除，人为制造终结之谷并使河道改流，地处草之国北部、雷之国西南的北海中岛链中的一座被击沉，连同上面的所有云隐驻守部队被瞬间抹除，以千手柱间险胜为终。
千手扉间与千手桃华在战斗结束后立即率军包围了战斗之所，救回了千手柱间，千手扉间回收宇智波斑的尸体，随军出征历练的猿飞日斩和志村团藏终生没有忘记这一幕，团藏至此对宇智波产生了深深的恐惧和羡慕。
同时，因千手柱间久未苏醒，九尾被赶到的漩涡水户以家传秘术封入体内，第一代九尾人柱力成型。
沙之国宣告灭国，被霜之国和汤之国平分，云隐得到了守土天险，立即划定国界退兵，次月霜之国大名病亡，幼子代政，汤之国与霜之国皆北退，火之国东北国界立刻划定。
叛乱的风魔一族苟延残喘，或隐姓埋名，或流窜于小国之间，其他四大国只收留一无所知的孩童，其余拒收并以叛国无义之名在各自国境内追杀，自此，显赫的风魔一族彻底没落。
十一月初，木叶研究所惊恐地发现宇智波斑尸体失踪、所有宇智波斑的身体组织全部消失，其余三族怀疑看守的宇智波一族，但无人承认，在千手扉间的调解下，最终不了了之，从此开始，研究所开始设置机密处，一些实验宇智波开始被排除在外，其余三族与千手扉间开始推进研究更深入的禁术。
至同年十一月中旬，千手柱间一直处于昏迷状态，由上忍会议投票决定由千手扉间暂代火影职位处理政务，宇智波一族人心惶惶，欲安插人员进入最高决策层代替志村团藏战死的祖父，被投下，志村团藏的父亲被选入。
人心惶惶和宇智波斑的实力带来的野心下，曾被斑信任的宇智波刹那一脉开始默默壮大，为拉拢安抚宇智波一族，更多的宇智波要员开始被调入警备