胆敢放肆作乱，公应宣其罪行，诛杀叛党，岂能成全此辈野心哉！”张轨闻听此言，不由默然。王融等遂命部下诸将齐聚，各领部兵实行戒严。武威太守张琠遣子张坦快马奔赴京师，上表朝廷道：“昔魏尚安抚边疆反获大罪，赵充国尽忠报国反遭贬黜，前代史鉴未远。顺阳吏民怀念太守刘陶，致自愿为其守墓者多达千人。张轨刺史治理凉州，犹慈母抚育赤子；凉州百姓爱戴张轨，如旱苗迎得甘雨。闻朝廷听信流言，欲更换凉州刺史，民皆惊悚，如丧父母。且今戎夷胡人扰乱华夏，不宜轻于更替，搔动一方。唯此上言，望陛下审慎为之。”天子览奏，遂不替张轨刺史之位，复令其讨伐叛贼。
张轨接承天子诏旨，遂命其子张寔为中督护，率兵讨伐张镇。又使张镇外甥、太府主簿令狐亚前往劝导张镇道：“舅公何不审时度势，看清成败安危，妄自行事？张公在凉州德高望重，兵马如云，譬如烈火熊熊燃烧，公等却待江汉之水以浇灭之；溺于洪流，望越地之人来救，岂非鞭长莫及。今张公数万大军已兵临城下，惟有诚心归顺，方使亲人平安，延续门户，保全家族！”张镇闻罢，亦痛哭流涕道：“子言是也，某为他人所误耳！”于是便将罪名加到功曹鲁连身上，将其斩首，向张寔投降谢罪。张寔即率部南进，讨伐曹祛，驱其远逃。张坦从京师赶回，怀帝下诏慰劳张轨，依司马模所奏，令诛杀曹祛。张轨奉召大喜，于是设祭于南郊，谢天子洪恩，大赦凉州。命令张寔率尹员、宋配二将，领步骑三万余众讨伐曹祛；另派从事田迥、王丰率八百骑兵，从姑臧西南出石驴，占据长宁。曹祛闻报凉州兵马来伐，急派麹晁在黄阪设防，抵抗张寔大军。张寔从隐秘小道通过浩亹，与曹祛交战于破羌，大败之，擒其本人及部将以回。张轨遂令斩杀曹祛，及其牙门将田嚣，凉州之叛复平。
及至京师洛阳被汉军围攻之时，被张轨闻知，于是派治中张阆送五千义兵，及郡国秀才孝廉、赋税账簿、器甲土产交付京师，以为勤王资用。又命主管吏详察凉州自建州以来，高洁退隐以保节操者，高才硕学著述经史者，为国为君临危不惧杀身殉义者，忠心进谏因而获罪者，交涉应对使民避免祸患者，武勇机智为世排除灾难者，奸谄误主陷害忠贤者等等，皆以文状呈报州府，各依其功过赏罚。凉州父老闻之，莫不弹冠庆贺。光禄卿傅祗、太常挚虞寄书张轨，诉知京师饥荒匮乏，张轨即派参军杜勋献朝廷马五百匹、毯布三万匹。怀帝大为感动，遂拜张轨为镇西将军、都督陇右诸军事，封霸城侯，又升张轨为车骑将军、开府辟如、仪同三司。授封文书未达，而王弥兵临洛阳。张轨派将军张斐、北宫纯、郭敷等率精锐骑兵五千，急驰援保卫京师。及至京师陷落，张斐等皆被贼军杀害。中州人纷纷逃到凉州避难，张轨遂分割武威一部分设立武兴郡，又分西平郡界置晋兴郡，以收容流民。当初秘书监缪世征、少府挚虞所云“天下将乱，避难之所唯有凉州而已”之语，今日果然应之。
闻报张斐、北宫纯、郭敷等诸将没于王事，张轨大为悲痛，乃令大出府库，重恤