既占江陵，终于解救出晋安帝，奉驾欲还建康。晋帝诏命朝中大事皆委于刘毅处分，封为冠军将军，大赦改元，惟桓氏不赦。因桓冲靖忠王室有功，诏命特赦宥其孙桓胤，徙于新安。以鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，督梁、益等五州军事，弟毛瑾为梁、秦刺史，毛瑗为宁州刺史。桓谦走投无路，降于秦帝姚兴。
二月，留台百官备法驾迎晋安帝于江陵，刘毅与刘道规二人屯兵于夏口，以防备诸桓复来，使何无忌保晋安帝东还。晋安帝至于建康，百官诣阙待罪，晋帝皆令官复原职。尚书殷仲文奉帝升殿，遂以琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太何，刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事。复欲加刘裕录尚书事，刘裕固辞不受，而请归京口藩镇。当初刘毅未得志之时，曾为刘敬宣部下参军，时人有识之者，或以当世雄杰以许之。独刘敬宣道：“此君外宽而内忌，自伐而矜人，若一旦得志，必当陵上取祸。”有人却将此言告知刘毅。
此时刘毅既以救驾之功为冠军将军，犹且怀恨刘敬宣所说前言。又闻刘敬宣被封江州刺史，尤为忌恨，乃使人进言于刘裕道：“刘敬宣并未预为复兴之谋，授予州郡已然为过，何况使为江州之主乎！”刘敬宣亦闻其奏，由是甚不自安，便遣人来见刘裕，自请解职归田。刘裕不欲其与刘毅构隙，乃召还刘敬宣，使为宣城内史。当时朝廷新定，风闻卢循欲为谋乱，刘裕未暇征讨，便与百官商议。朝中文武厌倦征战，皆赞成招安，于是朝廷诏命卢循为广州刺史，任其部将徐道覆为始兴相。诏命下达，诸将皆劝卢循接受朝廷诏命，遣使贡献，于是卢循贡献朝廷，且赠刘裕以益智粽。刘裕见其所赠，笑谓诸将道：“其欲我益智，是笑我无能也。”于是乃使人回赠以续命汤，意谓嘲其命短。卢循却不知其中之意，犹疑不定。
卢循即受诏命为广州刺史，乃引兵南下，攻陷番禺，擒执原广州刺史吴隐之。卢循欲自用之，却接刘裕来书，令其将吴隐之解送还京。卢循欲不从，长史王诞谏道：“当初汉末三国之时，孙伯符岂不欲留华子鱼耶？因魏武帝曹操相召，不得不从，以一境不容二君故耳。”卢循闻而方悟，于是遣吴隐之还于建康，归见刘裕。又说益州刺史毛璩，闻桓振攻陷江陵，遂率众三万顺流而下，欲亲往征讨。乃使其弟毛瑗兵出外水，参军谯纵兵出涪水。副将侯晖有反叛之心，借口梁州人不愿东下，与巴西人阳昧勾结谋划，在五城水口迫谯纵为盟主。谯纵不肯听从，纵身投江，侯晖将其救起，再三请求，以兵器逼迫谯纵坐于车驾回军，在涪城袭击毛璩弟西夷校尉毛瑾，并杀之。谯纵便自称梁、秦二州刺史。毛璩到略城，听说军中叛乱，飞马回归成都，遣参军王琼率三千人征讨谯纵，又派弟王瑗率领四千兵合后继进。谯纵派其弟谯明子及侯晖在广汉抵御，王琼打败侯晖，追到绵竹。谯明子设两路伏兵以待，大败王琼军，益州官军死亡者十之八九。益州营户李腾打开城门迎谯纵之兵，杀毛璩及其弟毛瑷，屠灭全家。毛璩死后，谯纵胆子便大了起来，于是自称成都王，建立西蜀政权