看望他们，王修亲自照料，直到他们病好了才离开，为人非常有情义。后出仕孔融，孔北海徵召他任主簿，同时代理高密县令。高密人孙氏素来强横任侠，他的门客多次犯法。民间有抢劫案发生，贼人进入孙氏门下，吏役都无法去捉拿。王修带领吏役百姓包围了孙氏家，孙氏抗拒执法，吏役百姓畏惧不敢靠近。王修命令他们：“有敢不去攻打的人，与贼人一同治罪。”孙氏害怕了，于是交出了抢贼。从此当地横行不法的豪强都惧怕屈服。
王修被推举为孝廉，他让给了邴原，孔融没有答应。当时天下动乱，推举孝廉的事停了下来。不久，郡中有谋反的人，王修听说孔融有危难，连夜奔往孔融那里。贼寇刚刚起事时，孔融对左右的人说：“能冒着危难前来帮我的，只有王修了。”话刚说完，王修就到了。
后来王修又任功曹。当时胶东多有贼寇，孔融又命王修为胶东县令。胶东人公沙卢宗族强盛，自己设置营寨壕堑，不肯听从官府的发派调遣。王修独自带领几个人骑马径直闯进公沙卢家中，斩杀了公沙卢兄弟几人，公沙氏族人震动惊愕，没有人敢有举动。王修安抚了其余的人，自此贼寇逐渐止息。孔融每次有了危难，王修即使是在家里休息归养，没有不马上到的。孔融往往倚仗王修得以免于祸患。
袁谭出兵北海，赶走孔融之后，征召王修为治中从事，任别驾。后来袁绍病死，因审配等伪立袁绍遗令，拥立袁尚为主，袁谭与袁尚渐生嫌隙。到了建安八年，袁谭和袁尚开始刀兵相向，双方在黎阳外城城门交战，袁谭战败，只好率领部队退回南皮。王修振臂一呼，率领吏役百姓前往营救袁谭，袁谭高兴地说：“保全我的部队的人，就是王别驾啊！”
王修劝袁谭道：“兄弟就像一个人的左右手。比如一个人将要与别人角斗，却砍断了他的右手，反而说‘我一定能胜’，这样行吗？抛弃了兄弟，不相亲近，天下人还有谁能亲近！您的部下有进谗言的人，本来就在你们兄弟之间参与争斗，以求取有朝一日的利益，我愿意明白地告诉使君：堵上耳朵不要听他们的。如能斩杀几个奸佞的臣下，兄弟重新亲近和睦，以抗御四面八方的敌人，可以凭这个横行天下。”袁谭没有听从，心中还开始讨厌王修，言不听计不从。后来果然再败平原，只好派辛毗去向曹操求救。
曹操趁机大兵涌来，攻破了冀州以后，袁谭又背叛了曹操。曹操于是带领军队在南皮进攻袁谭。王修这时运送粮食正在乐安，听说袁谭危急，率领他带去的士兵和属下的从事一共几十人，向袁谭那里赶赴。到了高密县时，听到袁谭已死的消息，王修下马放声大哭道：“没有您，我回到哪里去啊？”于是去了曹操那里，请求让他收葬袁谭的尸体。曹操想要观察王修的诚意，沉默着一声不吭。王修又说：“我曾受过袁氏的厚恩，如果让我得以收殓袁谭尸体，然后让我就死，我也不会后悔。”曹操称赞他的义气，听从了他。曹操让王修督军粮，返回乐安。从此加入曹操阵营，克己奉公，抑制豪强，扶助弱小，赏罚分明，甚为百