的人口结构偏老龄化，男女比例也是失调的。
所以虽然大部分科学家身体功能上没有受到损害，但生活依旧拮据和不便。
没多久，地下的生活物资即将被消耗完，他们不得不派出队伍到地面搜索物资。
这时他们才发现，原来这次末日灾难并不像是最初科学家们推测的那样，灾难没有完全毁灭地球，地球上不少生物还是顽强地活了下来，包括一些人类孩子。
搜索物资的队伍也带回了他们能找到的所有人类孩子回到研究所，一边抚育他们成长，一边教授他们知识，这些孩子一共只有几十个。
人类社会整体消失后，研究所已经无法继续研究末日前的课题了，活下来的科学家们的目标很明确，就是把人类的基本科学方法、科学理念，传授给这几十个孩子。
他们可能是人类最后的希望了。
地表环境依然恶劣，派上去搜索的队伍中，不少人都在伽马射线暴的残余能量中死去。
在搜索够了足够的物资，以及制造后续生活物资的设备，保证可以较长一段时间内供应研究所内部使用之后，研究所的人彻底关闭了大门，开始了地下生活。
但这个时候，燕京城的地面上，已经有一些其他存活下来的孩子，开始建立地面新秩序了。
就这样，研究所一封闭就是几十年。
当年被带进研究所的孩子，以及封闭期间科学家们新生出来的孩子们，就一直在地下生活。
他们学会了基本的科学方法和科学理念，有些人精通数学，有些精通化学，还有一些对这次末日灾难后人类身上产生的觉醒变异颇有研究。
当最后一个老科学家去世之后，这些曾经的孩子们再次打开了研究所大门，来到地面。
这时地面上新的燕京城已经颇具规模了，幸存的几千人以旧世界的紫禁城为基地，在末日艰难求生。
西山研究所的人很快与地面的人接上了头。
一开始，双方各有所需，地面人类有研究所急需的食物等生活物资，研究所的人有地面的人不具备的科学知识，可以帮助他们做一些他们完全想象不到的事情。
后来，事情就有了变化。
研究所的人受到末日伽马射线辐射比较少，虽然也有几个觉醒者，但大多是初级、高级这种级别。
而那个时代正是觉醒者遍地的时候，地面燕京城的觉醒者不乏大师、宗师级别，甚至还有几个超凡。
地面燕京城的力量绝对碾压研究所。
这时地面的人想要强制研究所，让他们成为类似地面燕京城专属的科技奴隶一般的存在。
研究所当然不干。
他们脑子比较好使，在付出了许多条生命的代价之后，又全员撤回了西山下面，再次封闭了研究所。