子也不敢再作战了，再这样下去，要么被瘟疫消灭全军，要么就会爆发兵变，他下令军队选择人口稀少又环境干燥、有清洁水源的地方分散扎营，躲避瘟疫。虽然洪承畴不懂太多医学知识，但是单靠经验总结下达的命令也比较合理，焚烧尸体，隔离病患，遏制了瘟疫大规模蔓延的趋势。
明军眼睁睁地看着闯军从达州东进，攻下了夔州府城。秦翼明部撤回了忠州，防止闯军向石柱土司报复，湖广的大门就此打开了。湖广明军的主力要么跟着杨嗣昌去了衡州，要么跟着方孔炤在湖北东部一带对抗张献忠、罗汝才等人，湖北西部只有少量卫戍部队，防务几乎是一片空白。
沿江东下的闯军攻下了归州，在这里，他们完成了重新集结。川东、荆襄一代的流民，又有一些归附闯军，闯军迅速重振声势。
没有联军了，只有闯军。该跑的都跑了，现在是农民军该统一的时候了。
自李自成、刘宗敏、田见秀以下，夔东闯军主力共有郭汝磐、刘芳亮、袁宗第、李过、党守素、辛思忠、李友、吴汝义、马世耀、白鸠鹤、刘汝魁、刘体纯、谢君友、马重僖、高一功十五位老管队，每一队的兵力约为五千人。再加上辅助部队和随军家眷，主力闯军达十万之众。
王友进、杨秉胤、马朝兴、刘体统、袁宗道、王可兴、郝九松、王汝贵、马云翔、李复荣、郝登云、裘岳等人留守西山各寨，继续招募流民、屯耕山林，照顾伤兵、家眷，积蓄力量。
“承蒙兄弟们信得过，我李自成便担当此任了。”李自成站在临时搭起的高台上，向下一拱手，身旁一面杏黄旗迎风招展，上书四个大字：“奉天倡义”。
“总掌盘”之称已经不能适应眼下闯军的状态了，在宋献策的建议下，李自成开始使用“奉天倡义大元帅”这一新的称号。原本宋献策定的是“奉天倡义文武大元帅”，但郭汝磐表示“那么啰唆谁记得住”，最后就把“文武”两个字删掉了。
老管队、管队、小管队三级模式也已经不能有效地管理如此之多的军队。闯军重新划分了内部层级，统兵三十人以下的军官为哨总，百人以下的为部总，三百人以下的为掌旅，千人以下的为都尉。原本的十五个老管队都改称果毅将军，其副手称威武将军，刘宗敏、田见秀二人则称制将军。
闯军的内部分工本来就很明确，虽然大家都挂着各种管队的名头，但其实早就各有所司，进行这样的改革并不困难。
“什么叫奉天倡义？老天爷我们谁也没见过，过去我觉得，既然皇帝叫天子，那老天爷应该是向着他儿子的。但是仔细想来，这个儿子多半是自封的，就和我们姓李的说自己祖宗是老子差不多，其实我哪认识什么老子，我老子就是个养马的。”
“我们挨饿时骂老天爷又聋又瞎，那也是有道理的。古时的圣人说过，‘天视自我民视，天听自我民听’，可见老天爷的确是耳聋眼花。老天爷看不见，老百姓才看得见，老天爷听