巡抚、六科官、九个知府、各县知县的人选都已经定好，随着刘体纯的军队一同进入福建，占领福州之后就开科举，补齐副职和基层官吏。
为了弥补江西兵力的空缺，中营的党守素、白旺所部调入江西支援袁宗第。吴汝义所领的中营后协则来到广东接受王瑾指挥，任务是和水师一起攻下南澳岛，随后配合右营对闽南的进攻。
南澳明军力量不强，广东水师主力出动，又有强大的陆战力量，打赢他们不是问题。但是金门、厦门附近海域必然集结了郑家水师的主力，跨海作战风险非常大。虽然情报显示郑鸿逵和郑彩率领一部分水师去了江南，但留在福建的郑军依然不是广东水师能对付的。因此，闯军不打算攻略福建沿海诸岛。