真的军纪严明，对商业的打击也是非常大的，很多大商人同时也经营土地租佃、放高利贷，在农民卖粮缴辽饷时恶意压价，在荒年囤积居奇都是常规操作，其中很多人干脆就是藩王、勋贵、太监的狗腿子，所以会被杀掉很多。但是经过这些年闯军在南方的经营，商品流通已经基本恢复。
闯军和中国历代的所有正常封建王朝一样，是重农抑商的。就算闯军在很多地方搞了田兵和永佃制，但田兵不可持久，永佃只能治标，他们也总不能否定地主土地所有制。所以，他们也就拦不住商业资本参与土地兼并。在现有生产力条件下，投资工商业利润的稳定性是远不如投资土地的。不抑商，原本二百年的王朝周期律可能就只有几十年了。
闯军对商业课税很重，不过中小商人因为苛捐杂税的减少，生存环境倒是好了一些，交了税之后就可以跟在闯军的巡船后面在长江上跑生意，不用像之前那样花大价钱打点黑白两道。不过这种情况估计也不会持续很长时间，到李自成晚年的时候，长江航道上估计就又得是到处都有陋规了。