二卫府，即左右卫、左右武卫、左右武侯府、左右领左右府、左右监门府、左右领军府，为统领全国军队的最高机构，内掌宫禁宿卫，外统全国府兵，基本职责是“禁卫九重”。
每卫府置大将军一人．将军二人为正副长官，下辖若干膘骑府和车骑府。另设太子东宫十率、即左右卫率、左右宗卫率、左右虞侯率、左右内率、左右监门率，专掌东宫宿卫，并分统部分府兵。
炀帝大业三年(607)，改十二卫府为十六卫府，重定卫府称号为：左右羽卫、左右骁卫、左右武卫、左右屯卫、左右御卫、左右侯卫、左右备身府、左右监门府，其设官与职责大体如前。
除府兵以外，中央军队还有禁兵、骁果等。
禁兵是专事宿卫的亲兵．分为内卫和外卫。左右卫、左右领左右府辖下的多数卫士和左右武侯府所统约启从卫士，属于内卫；其余禁兵则为外卫。内外卫禁兵和番上宿卫的内外军府兵、相互制约，共同保卫皇宫与京师安全。
骁果是炀帝时招募民丁组成的军队，上隶于不统府兵的左右备身府，同府兵一样，番上宿卫，大部成为皇帝亲近的内军。骁果卫也称血鹰卫，左膊有血鹰纹身。最早成立于文帝时期，最后骁果卫叛乱，杀死了炀帝，结束了隋朝的统治。