各个城池，都处于严密的防守之中，叛军虽然声势浩大，可实力却并不算特别强。
再加上还有徐文的火器营在，守城之时，火药和火器的作用，甚至要胜过那些礌石滚木。
叛军久攻不下，情势陷入胶着。
四月初，顾二率军反攻，四月中旬，拿下了承州，然后不过数日功夫，就把左近的遵义和充州也给拿下了。
然后就是连绵月余的雨天，一直到五月中旬，连绵阴雨才停了下来。
叛军猛攻遵义和承州，这个时候，顾二没有去就遵义和承州，而是来了一招围魏救赵，借着前头月余时间的详细调查，直接带着大军直奔叛军的大本营。
然后攻城的叛军回援，半路遭遇伏击，领军大将元武被沈从兴斩首，顾二策反了当地的山民，大破天圣教的叛军，元昊被打的抱头鼠窜，遁入山林之中。
顾二追了好几日，却一直找不到元昊的踪迹，然后索性就直接重金悬赏，不料效果极好，六月初，元昊就被当地的山民给抓到了，送到了顾二面前。
天圣教的余孽也被清剿的七七八八，只有少部分残余教众很幸运的遁入山林之中，失去了踪迹。