全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。王冰认为是“惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之“的缘故。王冰自谓“得先师张公秘本“，“因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷“。由于王冰补入了《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷，从而成了如今流行的《黄帝内经素问》。当然还有元代胡氏“古林书堂“十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一如王冰旧作。
二、《灵枢》
《灵枢》最早称《针经》。第一篇《九针十二原》就有“先立《针经》“之语，相当于自我介绍。后来又称为《九卷》，晋皇甫谧复又称之为《针经》，再后又有《九虚》、《九灵》、《黄帝针经》等名。
《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用“经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络“这句话，在《三部九候论》中引用时称“《灵枢》曰“，在《调经论》中引用时又称“《针经》曰“，可知《灵枢》即《针经》。而其他《素问》注中所引《针经》，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
《灵枢》名称的演变大略如此，而其命名之义则需具体分析。马翃和张介宾认为是因为枢机之玄奥。《灵枢》主要研究的是针刺问题，故称《针经》;因其卷帙为九卷，故名曰《九卷》，并因此而有《九灵》、《九虚》等名。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后都亡佚了。宋代林亿、高保衡等人校正医书时也因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是存世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，所以最终都成了二十四卷。
元代胡氏“古林书堂“刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明南朝·全元起篇
卷一，平人气象论第一，决死生篇第二，脏气法时论第三，宣明五气篇第四，经合论第五，调经论第六，四时刺逆从论第七，凡七篇。
卷二，移精变气论第八，玉版论要篇第九，诊要经终论第十，八正神明论第十一，真邪论第十二，标本病传论第十三，皮部论第十四，气穴论第十五，气府论第十六，骨空论第十七，缪刺论第十八，凡十一篇。
卷三，阴阳离合论第十九，十二脏相使篇第二十，六节藏象论第二十一，阳明脉解篇第二十二，五脏举痛第二十三，长刺节篇第二十四，凡六篇。
卷四