同时，调整五军都督府，以越国公冯双礼为前军都督，以荆国公王尚礼为后军都督，以蜀国公白文选为中军都督，以燕国公李过为左军都督，以赵国公田见秀为右军都督。
设天下为东南、西南、西北、东北和中原五大军区，以五军都督府分别坐镇五大军区。大军区之下是省军区，都督之下设都指挥使，掌一省之军政。
设海军独立于五军都督府之外，设海军都督一位，地位等同于五军都督，又分黄海、东海、南海和长江水师，各设提督一位。
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