9岁女性伊丽莎白（elizabeth greene）存活下来，而整个小镇的居民则因为病毒感染而变异。
在“圆满”完成任务目标后，黑色守望部队以一场核爆消灭了所有僵尸，以及在当地医院的最后一部分还未感染的居民。他们将小镇夷为平地，销毁了所有的罪恶证据，只带走了伊丽莎白和她未出生的儿子，作为日后生化研究的宝贵财富。
在研发过程中，项目小组的首席科学家alex博士对于实验过程中造成的大量动物死亡，以及高达14种人造病毒株的事实产生了疑惑。
出于公众安全和社会责任考虑，他携带了一个病毒植株作为证物，准备将gentek和军方的罪恶计划向世人公布，然而因为同事的告密，亚历克斯在宾州车站与赶来拦截的黑色守望士兵发生冲突并被逼入绝境。走投无路的亚历克斯摔碎了罐体，导致整个曼哈顿岛被感染，自己也被高浓度的黑光病毒所吞噬。不过幸运的是，黑光病毒无法通过水和空气传播，因此哈德逊河阻隔了病毒向纽约市中心的扩散。
同时，在gentek实验室，本应该已经中枪死亡的alex却慢慢苏醒过来。这时的“他”已经不是人类，而是作为“黑光”第一个感染的人类的人格化的宿主，也就是原型体（prototype）。
因为人类的alex已死，所以此时的原型体空有alex的人格，外貌，却丧失了原来的全部记忆。蜂拥而来的黑色守望士兵让alex了解到自己是人人欲诛的重要目标，同时也发现了自己拥有常人不可能拥有的“超能力”。所以他更想知道“我是什么”而不是“我是谁”。
在利用自己的能力吸收了数名“bw”高级官员的记忆之后，原型体alex也了解到自己不是人的事实以及这一切惨剧的内幕。
真相大白让alex陷入了短暂的迷失，然后他并没有将接下来的时间用来思考人生，而是着手开始了“救赎”式的行动。一个神秘线人通过公用电话向alex提供了关键情报——军方的重装备和火力已经迫使变异怪物无法在地表立足－但是它们转入纽约复杂的地铁和下水道系统之后，反而使人类的清剿部队陷入了游击战的泥潭之中。
如果alex可以把军方最新研制的“血毒”（bloodtox）解毒剂带入地下，就能把怪物们逼出地表，从而达到歼灭目的。
alex不仅成功履行了这一任务，还击杀了怪物们的首脑elizabeth。
在将elizabeth吸收后，alex获知黑色守望打算发射核弹，摧毁整个纽约。
在经过和超级猎手的最终决战后，alex消灭了黑色守望的野心家们，驾驶着直升机把核弹投入了大西洋，自己也因为核爆粉身碎骨，其中有一片残骸飞入曼哈顿岛，被一只乌鸦啄食。谁知病毒却吞噬了乌鸦，alex二度复活。
生化暴乱平息后，alex离开了纽约