1999年互联网梅森素数大搜索项目（gimps）找到第38个梅森素数：2^6972593 -1。
1999年康拉德（nrad）与泰勒（taylor）证明了“谷山-志村猜想”。怀尔斯在1993年解决费马大定理的途中证明了其中一个特殊情形。
2000年在洛杉矶举行的美国数学会的一个会议上提出了“21世纪的数学挑战”。不同于100年前的“希尔伯特问题”，这次的问题由30位数学家的团队给出，其中8位是菲尔兹奖得主。
2000年一个700万美元的大奖被设立来求解七个著名数学难题。称为千禧年大奖难题：p vs np；霍奇猜想；庞家莱猜想；黎曼假设；杨-米尔斯规范场的存在性与质量缺口；纳维-斯托克斯方程解的存在性与光滑性；贝赫和斯维纳通-戴尔猜想。