原来的监军了，现在改叫长史，不再由都察院派御史提督，而是兵部派出，二品的文职军官，司马则相当于参谋长。
两个副提督，是军事副职，可以分领兵马。镇总部仍设有四处，军令处、参谋处、监察处和后勤处，把装备处合并到了后勤处。
协设总兵，也有长史、司马和副总兵。
标设参将统领，游击副之。营官为都司，守备副之。
哨设千总，
排设把总。
金攻玉升为第一镇提督，温虎升为副提督兼领第一协总兵，沈文忠为第一镇长史，杨伯兴为第一镇司马。
第二镇的番号，则授予了勇卫镇，勇卫镇与忠肃镇合编，为大明御营第二镇，保留勇卫镇旗号，以张全为第二镇提督，孟宪为副提督兼大明第三协总兵。
“从神机镇调九门十二磅野战炮给第二镇，另外二十四磅攻城炮，也一起协同，三天时间准备，三天后让济南城的鞑子们知道下我大明火炮的威力，大炮劝降！”