是职权独立，又互相牵制的。
当然，这是常设官职。
后来，因为需要临时需要，朝廷又临时设巡抚乃至总督统领这三司，慢慢的巡抚和总督这种军政总揽的封疆大吏就成了常设官职。
以上说的主要都是行政系统。
至于军队系统，六部之中有兵部。兵部之外还设立了五军都督府。
五军都督府包括明朝中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府和后军都督府，分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。
其实在明朝刚立国的时候，没有五军都督府，而是设置了一个大都督府。
大都督府的权力非常大，既有统兵之权，也有调兵之权，是全国军队最高的统率机构。
但是自从胡惟庸谋反一案后，朱元璋感受到了威胁，所以在撤销了丞相制度的同时，也撤销了大都督府的职权，将大都督府改成了五军都督府。
原本的调兵权也归到了兵部，而五军都督府只有统兵权。
而这个统兵权，自土木堡之变后也逐渐式微，兵部权力越来越大，导致了五军都督府最后逐渐变成了养闲人的地方。
在具体的职能划分上，都督府管兵负责打仗、成立军事法庭等，兵部负责军械、考核、作战方针。，
就权力而言，兵部更接近现代的国防部。谷
而都督府更接近中央junwei.
都督府主战，在有战事爆发的时候选拔将领统兵打仗。
而兵部则负责平时的军队建设以及战时的方略拟定以及军械粮草的筹备等。
下辖车驾司、武库司、武选司、职方司，分别负责养马杂事、军械采购维护、军官升迁考核、战略部署、参谋等职能。
这是军队上层设计。
而在军队设置上，朝廷有京营，地方有卫所。
京营三大营，是大明的精锐部队，属于全脱产的职业野战部队，配备火炮良马，装备精良，待遇丰厚，是大明战斗力最强的部队。
当然，到了明朝中后期后就越来越拉垮了。
卫所书地方部队，既有守卫地方的职责，也有屯田的任务。
平时种地，战时打仗，自给自足。
朱元璋的构想很美好，但是明中叶以后卫所制度就相当于名存实亡了。
卫所兵不是逃亡就是变成了卫所长官的军奴或者家丁，属于卫所的屯田也被卫所长官侵占一空。
没有了田地，卫所制度就成了无根之萍。
除了京营和卫所兵之外，另外还会根据当地特色配置一些特别的部队，如狼土兵、北方骑兵、矿兵、盐兵、僧兵等。
以上部队在正规军的编制当中，有花名册、编制表等。在北方还设置了为