多个部门，每年都要对该沉船遗址进行水下考古探摸和多学科研究。
经过6年多水下考古调查勘探，才初步探明了长江口二号古船的基本情况。
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【我的系统不正经】【】
据模拟动画显示，才确定长江口二号古船是不是木质帆船，是哪个年代的帆船。
其他还有所在水域的水深，船体埋藏的深度，周围的环境等等。
最终得到确切数据，古船残长约38.5米、残宽约7.8米，已探明有31个舱室。
沉船上部的尖艏、揽桩、主桅杆、左右舷、上甲板等结构完整。
考古人员通过选取前后其中4个舱室，进行了小范围清理，均发现舱内有码放整齐的景镇窑瓷器等精美文物。
另外，在船体及周围还出土了紫砂器、南越产水烟罐、木质水桶残件等。
除此之外，还有船上的一些东西，比如桅杆、大型硬木船材、铁锚、棕缆绳、滑轮、金属钻头、钻杆以及黑色矿物等大量文物。
2021年7月至9月，大海市文物局再次组织水下考古专业机构，对长江口二号古船及周围进行了水下调查。
他们清理出，前几次调查未发现的元代瓷器，和60厘米高完整的豆青釉青花大瓶等大型瓷器。
特别是古船中部分出水瓷器底书“同治年制”款，为古船的断代提供了重要的依据。
清代的沉船，上面还有外国货，那么他到底是进口的船，还是出口的船？
最重要的是，这艘船上还有一些元青花，特别是其中还有一件六十厘米高的青花大瓶，这就比较有意思了。
这样一来，之前陈文哲打捞的清代沉船，发现宋代、元代瓷器，也算是再正常不过了。
不过，在查看这艘沉船打捞出水的过程，还是让陈文哲有点惊讶。
因为他发现，在这长江口打捞沉船，一点也不比在海上打捞沉船来的轻松。
由于长江口二号古船，受水流冲刷严重，特别是随着长江口水势流向改变，河床由淤积转变为快速下切，致使古船加速露出河床表面。
这样一来，船体面临严重安全威胁，这也给打捞带来了很大的挑战。
目前全球水下沉船考古的打捞方式，主要有三种。
第一种提取船上文物后，拆解打捞沉船。
第二是采用围堰抽水，进行考古发掘后再打捞沉船。
最后一种是使用特制沉箱，将沉船、文物与其周围海水、泥沙，按照原状，一次性吊浮起运整体打捞。
当时，为防止长江口二号古船遭到自然与人为破坏，专家建议需尽快打捞出水，并移入固定场所进行考古发掘、文物保护、研究及展示利用。