想占领，也就不在乎破坏当地的秩序，因此在秘鲁以北和巴拿马以南的区域，帝国的军事行动更多的是夺取西班牙殖民者的财富。
直接围剿清算西班牙殖民者只是基础，在这个过程中，帝国解放了印第安人和混血儿，组织他们加入了帝国的大军，横扫了秘鲁总督区。而这批人也是帝国最后的财富来源，在离开秘鲁总督区的时候，帝国远征军把殖民者的土地房产矿业等带不走的东西，以很低的价格出售给了这些人。
后来帝国与西班牙达成和平，确定了势力范围和边界，当西班牙殖民者重新回到秘鲁的时候，一切都已经变了。
曾经那些属于西班牙征服者的大庄园现在已经有了新的归属，这些人占领着曾经主人的土地和房产，手里还有各类枪炮弹药，组成了民兵队伍和地方自治的政府和议会，在利马，最激进的一批人甚至建立了一个国家。
国王的旨意和教会的说和完全没有意义，谁也不能让这批人把吃下去的利益吐出来。
于是乎在很长一段时间里，西班牙都要与这些叛乱者进行战争，这可不是两百年前，几百个人就能征服的印第安部落了。西班牙王国用了三年的时间证明，他们根本无力把殖民地恢复到以前的状态，也就只能选择妥协。
最终，西班牙政府承认了，克里奥尔人这种出生在殖民地的白人和梅斯蒂索这类白人与土著混血的利益，把他们已经获得的利益补上国王的授权，然后联合这群人对付印第安部落和少量黑奴的抵抗。
当时的帝国也寻求美洲的稳定，因为只有稳定才能带来商业的扩张。于是帝国军方停止了对抵抗者的支持和援助。
只用了两年时间，秘鲁总督区的剩余部分重归了西班牙人的统治，只有少量印第安部落逃亡高山和雨林，进行着抵抗斗争。
但是，殖民地乡绅的利益得到了极大的承认，在利马，他们建立了一个议会，这个议会只要三分之二的人投票反对，那么总督的政策就不能施行，而本土派来的大贵族最多担任都督和重要城市的市长职位，大片地域的官员任免由殖民地人接替去了。
秘鲁总督区还进行了税收、贸易等改革，使得其可以自由的与中国进行贸易，不受本土的控制。
西班牙得到的仅仅是一部分统治权和每年都有增长的税收。
用西印地院某位官员的话来说，国王失去了尊严，得到的却是金币。
在这几年，新西班牙总督区和西印度群岛地区也有效仿秘鲁总督区的趋势，只不过被西班牙本土严厉的镇压了下去，但殖民地乡绅在地方上扩张政治和经济利益已经是西班牙管制不了的事实。
原本秘鲁总督区就对西班牙充斥着不信任，双方对立情绪严重，现在忽然出现了国王要收回土地的谣言，这股子风潮就再也压制不住了。而抵达了利马的安东尼奥高呼保护秘鲁总督区利益的口号，立刻就得到了秘鲁总督区议会的支持。<