碍合众队的脚步，在付出了三百多人死亡的代价，擒杀了一千多名柔佛士兵之后，舰队抵达了柔佛王城，经历了海战和拦截，柔佛王城的守军数量下降了两千余人，用椰树桩子和泥巴构筑起来的城墙也不会带来多大的阻碍。
陆战队顶着烈日和满河的蚂蟥上岸，用燧发枪的排枪齐射打溃了出城反击的柔佛人，掩护炮兵登陆，经过火力试探，柔佛人的王城中拥有不下五十门的火炮，但多是佛郎机一类的小炮，长身管的加农炮没有几门，野战炮营的十二磅青铜炮成为了战场王者，实心炮弹在土木结合的城墙上打出了一个又一个的缺口。
进入夜晚，登陆的军队遭遇了从丛林中出来的柔佛士兵袭击，夜幕的掩护下，柔佛人展示了精湛的丛林战和夜战技巧，但合众有着严格的纪律，分布在营寨之外的鹿砦、壕沟以及与士兵并肩作战的猎犬给柔佛人带来了巨大的麻烦，柔佛人倚重的陆战主力——大象，在火器面前不值一提，手榴弹的爆炸让战象失去控制，冲散了柔佛人的阵列。
最终，合众发动了攻城战，在炮兵的掩护下，加西亚手下的葡萄牙板甲兵和后藤信诚领导的日本武士冲入了城中，攻破了这座王城，懦弱的柔佛苏丹在最后一刻选择投降，被维齐尔一刀斩杀，这位忠勇的宰相战斗到了最后，并企图用火药和大火毁坏王宫。
在旧柔佛和周边，陆军扫荡了半个月，一共抓到了四万多名俘虏，缴获了不到三十万两的白银还有一些紧俏的货物，最终，陆军撤离了这座王城，把柔佛王城焚成白地，拔掉了马来半岛上最大的反抗力量。
而在北大年行政长官区，王必达率领陆军沿着马来半岛西海岸的平原南下，攻伐吉打和霹雳，随着李明勋率领的远征舰队到来，驱散了来自巴达维亚的支援，舰队带来的陆战队在各处海岸登陆，攻击马来半岛上所有的苏丹国和城邦，把天方教徒聚集的地方清扫一空，前后用了两个月的时间，
远征舰队带来的支援让马来半岛上的合众数量超过了一万两千人，这还只是正规军，如果加上雇佣兵和动员的民兵，数量就超过了两万，这让合众国的攻城略地变的极为有效率，马来半岛上七个苏丹国和城邦都没有抵抗太久，其中只有彭亨苏丹选择了投降，其余或者投降太晚，或者被诛杀亦或者逃亡海外，亚奇苏丹国和巴达维亚是最主要的逃亡地。
彭亨苏丹被迫变卖财产，其一家百余口被迫依据马尼拉，其余的苏丹多没有这么好的运气了，大多被族诛。
马来半岛的苏丹国很穷，七个小国也仅仅是缴获了价值一百二十万两的白银、货物和其他贵金属，本地那泛滥的铅币和各国粗陋的铜币让收获的价值大大下降，最大的收获莫过于人口，七个小国的王城、港口和主要聚集点一共俘获了超过十六万的俘虏，这些人全部被籍为奴隶，年老者和幼年儿童被直接释放任其自生自灭，只有强壮的男人和女人才被拉上船带走。
男人大部分被发配到了槟城，那里正在建设港口和城市，