方主力舰队已经航行到了崇明岛中部水域，崇明大规模的早岛运动在崇祯十七年便是结束了，在北面，因为合众国与江南士绅修筑的大堤，海岸线已经固定，但岛屿南侧，却一直没有堤坝，处于主航道的南线因为淤积的缘故，有大量的港汊和小河与崇明内部连接，而如今郑藩的舢板就布置在这些芦苇密布的地方，随着一声号炮冲杀出来，足有二百多艘，密密麻麻的冲向了清军的江南水师大船，布置在舢板上的除了桨手，便是郑成功倚重的陆战主力铁人军，这些身披铁甲的强壮士兵，用抓钩勾住清军的大船，攀登而上，提刀冲入人群，便是掀起一阵腥风血雨，三五个士兵不消半刻钟就是清理完加列船的上甲板，满地的尸身和断指残体，宛若杀神一般。
装满了火药的瓷雷被扔到了下甲板，把下面的清军士兵和桨手炸了个血肉模糊，幸存者七荤八素之际，那些杀神已经跃下，狠命斩杀起来，有些战船上，清军的反击很强烈，铁人兵跳下甲板，便是被火绳枪打中，几次冲锋不得，便是扔下装满油脂的陶罐，点燃之后弃船。
战舰里的清军被火烧的哇哇乱叫，不少人扔掉船桨，从划桨口钻出来，却是被守在外面的郑军用长矛刺杀，舟山明军在舟山抗争这些年，虽然略有战绩，但因为被封锁，日子着实辛苦，此时占据上风，更是狠心陡起，他们故意不击沉着火的清军大船，封死所有出入口，甚至把一些跳出来的清军扔回着火的船上去，任凭他们被烧死、呛死。
崇明水战进行了一整个下午，暴雨渐渐歇止，却更是浇不灭战火，雷声消失，取而代之的是隆隆炮声，在郑成功的指挥下，满清江南水师的大型战舰没有一艘逃跑的，而甘辉率领的主力舰船则冲破清军战团之后，逆流向上而去，在崇明港口，苏松兵马正在攻打崇明，甘辉率领的加列战船直接把满载着士兵和补给的各式运兵船撞翻在水面之上。
永历十二年十一月末，郑军在崇明大胜清军江南水师，得胜之后，直接沿长江攻击，十二月初便是抵达瓜州渡口，清军江北的军队早已问讯赶至，却是被郑军大败，歼敌两千余，这些援军都是来自江北绿营的汛地，江南精锐被抽调一空后，这些临时被赶到瓜州的是正经的腹里弱兵，破敌之后，郑军派遣舰队火烧浮动木城三座，斩断横江铁锁，彻底破除了清军的江防工事，在瓜州克复之后，郑军获得了第一个投降的满清大员——操江巡抚朱衣助。
郑军顺势南下登陆长江南岸的镇江府境内，在银山一带，郑军精锐的主力击败了满清江宁巡抚率领的援兵，这一战让镇江守城军失去了抵抗意志，守将与知府献出了镇江城，而借助下游的大胜，张煌言已经率领前锋抵达了南京城下，张煌言没有赢得预料中的‘传檄而定’只得继续往上游而去，安抚招降各地。
进驻镇江府城的那一刻，郑成功真正感受到了来自上天的眷顾，他已经确定，他获得了一生中最重要的机会，而郑军上下军心大振，下一步就是进军南京了，但郑成功知道，战只是下策，宣抚为上策，郑成功在进