单位建立起正规的军事组织后，忍者的职能和作用开始不断地细化，分工也变得更加明确。
具体来说，忍者分为三大类，分别是感知忍者，战斗忍者和医疗忍者。
战斗忍者基数庞大，历史也最为悠久，每个忍村都维持有数量庞大的战斗忍者团体，大多数以班组的形式作战，偶尔也会出现兵团集团化作战的情况。
感知忍者脱胎于战斗忍者，不过执行的任务更加特殊，类似于侦察兵，特种兵和间谍的集合体，木叶白牙就是感知忍者当中的佼佼者。战时，他们是强大的侦察兵，擅长刺探情报，侦测敌情，单兵作战能力极强。
和平时期，他们又会执行机密任务，不限于暗杀，投毒，策反等等特殊工作，某些表现优异的中忍会被授予特别上忍的荣誉称号。
医疗忍者也脱胎于战斗忍者，不过发展历史较短，规模并不大。真正让医疗忍者名动一时的，还是二次忍界大战中纲手的亮眼表现。配备医疗班的战斗团队，无论是续航还是攻坚，表现出来的战斗能力都更加突出。和感知忍者一样，医疗忍者部队也会授予某些中忍特别上忍的荣誉。