之后，爪哇华人自治区政府和苏门答腊护**政府扶持当地的一些弱势政治派别成立加里曼丹自治区，并由两军共同派人接管加里曼丹地印尼军队，对加里曼丹军队进行了整编，整编后的军队更名为加里曼丹自卫队。随后三个自治区政府进行了磋商，决定共同恢复印尼共和国，不过恢复后的印尼是个联邦国家，三地都有自己单独的自治政府和军队，只是对外政策上采取一致的态度，当然此时的加里曼丹政府不过是爪哇华人自治区政府和苏门答腊护**政府联合控制的傀儡。四月中旬，爪哇华人自治区政府、苏门答腊护**政府、加里曼丹自治政府联合宣布成立印尼联邦共和国。中国、伊拉克两个国家在第一时间承认了此印尼联邦共和国的合法性。随后俄罗斯政府也公开承认了印尼联邦共和国的合法性，接着一些非洲国家和阿拉伯国家也相继承认了印尼联邦共和国的合法性。但是美国、日本等国公开拒绝承认印尼联邦的合法性。组建了印尼联邦共和国之后，爪哇华人解放军联合苏门答腊护**在加里曼丹岛上大肆修建永久性防御工事，并同时修建机场、后勤补给仓库等军事目标，同时爪哇华人解放军向中国政府定购了大量的防空雷达，并在加里曼丹岛大量修建
，以加强印尼联邦空军的防御力量。
新组建的印尼联邦共和国以写入宪法的形式给予华人与爪哇人、苏门答腊人一样的政治地位，并且再也没有人权上的歧视，印尼华人可以在印尼各地自由的居住、经商，自由的置办产业。新成立的印尼联邦共和国把汉语作为印尼的官方语言的一种，印尼的电台、电视台和报纸也都有抓们的汉语版本。华人可以在印尼各地建立华人自己的学校，专门招收华人子弟，对华人子弟进行教育。当然有愿意所以华人文化的爪哇人、苏门答腊人华人学校也愿意招收。至此，卫华改变印尼华人命运的愿望算是得以实现，现在卫华相信在原本世界里发生的一九九八年印尼华人遭屠杀的事件不会上演。
印尼联邦共和国成立的消息一传到日本，日本的内阁政府就坐不住了，日本首相宫泽喜一召集内阁成员讨论有关八月份进攻苏门答腊岛的计划。见到所有的内阁成员到齐之后，宫泽喜一开门见山的说道：
“各位！印尼联邦共和国成立的消息想必大家都已经知道了！现在爪哇华人解放军和苏门答腊护**以及新成立的加里曼丹省自卫军已经成为军事同盟，如果我们还是按计划进攻苏门答腊岛的话，恐怕我们将要面对的敌人就会是苏门答腊了护**和爪哇华人解放军的联手反击。我们不的不慎重考虑，我们是否应该此刻在东南亚地区大打出手。我想大家都应该注意到了，爪哇华人自治区政府同中国政府的关系非同一般，而我们同中国政府的关系想必大家也清楚，我想大家肯定也明白，一旦我们同爪哇华人解放军发生交战，中国政府肯定会支持爪哇华人解放军的，到时我们该怎么般？”
“支那政府支持又怎样？只要支那政府不直接出兵干涉，我想即使是苏门答腊护**和爪哇华人解放军联合起来