布置两架重型弩炮；两舷则各布置中型弩炮十五架，间隔安排安排三架重型弩炮，战时还可根据需要进行调整。而一层内部则分隔成大小不等的房间，分别作为战兵的休息场所和存放武器弹药的仓库。
船上原有的拍竿和投石机都被拆除，改由弩炮代替。重型弩炮可攻击远程目标，中型弩炮则是进入三百步以内的目标，而连发弩炮则是二百步以内的近距离目标。这样的安排使这艘船具有了远中近三层打击能力，而这种万石船本身就是一件武器，有足以碾压一切敌船的能力，即便是三千斛的大型船只也经不住它的撞击。
战船的上层建筑面积呈塔状，二层的面积也随之递减，但是依然不小。这里是作为赵昺和随行人员的生活和工作区域，大致被分成三个部分。前半段是工作区，设有议事厅、大书房和帅府随行官员的办公兼休息室；中段则是侍卫和杂役的生活区，并设有**的厨房和仓库。
后部则是赵昺的专属区域，分别设有小书房、工作间、起居室和小厨房，和专供轮值小黄门使用的‘保姆房’和杂物间。这里设有单独的通往三层及下层的**舷梯，各个通道有侍卫二十四小时值守，没有允许任何人都无法进入。当然这些都是他的前两任使用者留下来的，周翔只是对其中部分根据需要略作改装。现在二层基本已经修改完毕，只等油漆上彩了。
“这里够宽敞，不过也太过奢侈了！”赵昺进了自己的专属区，摸摸门上的金质贴花皱皱眉说道。
“诶，也只有这样才配的上殿下的身份吗！”周翔笑着说道。
“这样不好，你让工匠们将这些金饰都取下来、熔了，作为修船的资费，本王不用如此奢侈。”赵昺摇摇头道，他看看屋中的金饰无处不在，目及之处估摸着就能有上百两之多，看来自己的两位前任都十分喜欢这黄白之物。
“殿下，你再来看这里！”周翔神秘地笑笑，在书房的一面墙边摆弄了片刻，拉开一扇暗门道。
“这里都是什么？”赵昺只觉眼前一片金光，亮的晃眼，他急问道。
“殿下，这里都是刘深的私用之物。”周翔指点着说道。
“哦，不是已经让人将船上的财物全部交给帅府公用了吗？怎么这里还有许多。”赵昺走进去，只见足有三、四十多平米的屋子中堆满了各式金银器具，仅金盘、银碗、金烛台都够凑一桌大餐所用，他翻看一下还发现了刘深那只传说中的金夜壶。而墙边还摞着十几口大箱子，看样子里边的东西也都是值钱的东西。他被吓住了，颤声问道。
“殿下，船上的财物都经总计局登记上缴了，这里只是刘深私人所在，里边的物品都是船上的摆设和应用之物，不能算作敌资，便留下了。”周翔小声地说道。
“是不是你的主意？”赵昺厉声问道。
“殿下，不是……也是，是属下和庄主事的主意，他说殿下最近内府中开销很大，留下这些东西也不算私藏缴