，战船就可以转而携带更多的作战和生活物资，增强自持力和续航力，减少靠岸补给的次数，提高作战效率。
当然赵昺也不会将战兵一裁了之，不仅战兵的数量众多，几乎占据了水军兵额的半数，他打算将这些兵丁改编成海军陆战队。他十分清楚要想发展必定要进行频繁的渡海作战，在这个年代其实水军和步军的界限十分模糊，步军上了船就是水军，下了船就是步军，并没有专门的陆战队编制。而琼州水军这些战兵长期随船作战，已经具备了天然的基础。
大家都知道陆战队是指海军中担负渡海登陆作战任务的兵种，有的国家称海军步兵。以运输船或舰艇为运输工具，担负从海上登陆作战或为后方大部队，大面积全面进攻作战作开路先锋。且可以担负两栖登陆、反登陆、抢占礁岛、渡口、桥梁及应急作战等任务，是特别训练用来执行两栖突击作战的步兵。
登陆作战可以说是最危险的作战行动，进攻方必须经过一段开阔的没有任何阻挡的海面。兵力、物质投送依赖登陆舰艇，而登陆艇往返需要时间，且作战物资卸载地是一条线(水际线)，不是像大陆战的一个面。因为完全没有隐蔽物，进攻一方士兵纯粹就是活靶子，一旦部队被压制在滩头，很容易遭到重大伤亡。即使登上滩头，防守一方也可以从后方调动预备队，组织反击，给登陆方造成重大伤亡甚至赶下海。
元军此次渡海而来就是因为一直无法抢夺滩头而导致整个作战行动失败的。而陆战队就是担负这项艰巨任务的，他们接受两栖联合作战训练，能从海上的运输船来登陆岸边的陆地，包括敌人的城市或是敌人所占据的地方。在协同陆军登陆时，通常担任登陆先遣队，首先突击上岸，保障后续梯队登陆；也可配合陆军继续担负海岸防御任务。
手里有一支现成的力量，赵昺当然不能放过。因此战兵脱离舰船部队，独立成军毫无疑问的势在必行。由此下船的战兵数量将有两万人左右，正好可以编成两个师，但他打算仍将陆战队划归水军司管理，算是其一个分支力量，毕竟他们还需依托水军完成跨海登陆及需要其火力支援，而编制暂时先参照步军进行设置。
解决了水军划分的问题，赵昺面临的是如何对各种战船进行编组。当下琼州水军战船按照吨位大小划分，有百石以下的小船，也有万石的大舟，跨度很大。其中最多的是介于千石至两千石之间的战船最多，其次是五百石至千石的舟船，多数都是缴获的战船或商船通过改造入列，标准也难以统一。
如果按照作战性能划分，既有用于突击作战的龟船，也有专门用于火力打击的火箭船和炮船，还有综合性的大、中型战船及辎重船、运输船、医疗船。另外就是侦察和巡海用的哨船，转运人员的小艇等等专用船只，此外还有自己的巨舟，当然这只是赵昺自己的分法。
这个时代还有名称各异的战船，作战时位于最前列的战船叫“先登”；还有狭而长的冲击敌船的战船“艨艟”；有又轻又快如奔马的赤