作，诏令众臣进宫觐见询问情况。加上因为此次军改涉及编制的改动，不免引起人心浮动，他除了召集各部军将进行解释和安抚，还亲自前往各军巡视，以稳定军心，可谓是工作夜以继日，难得休息片刻……
八月末各部终于在赵昺严厉敦促下完成调整，兵部和枢密院在经过短暂的内部整顿后，于九月中旬开始正常办公，随即对各军的整编工作全面展开，而这项任务更加繁琐和复杂。而此刻陈吊眼再次率军攻下漳州，蒙元调集大军进行清剿，一时间东南震动。
如此陈吊眼称王自立的事情也为行朝所知再掀波澜，朝中众臣纷纷上书，或要求对叛逆予以剿灭，或请求对此部义勇予以招安。赵昺发现朝中众臣对待此事的态度有些微妙。
主张对陈吊眼这帮‘逆贼’予以剿灭的却是一班文臣，他们以为陈吊眼身为大宋子民不思报国，却趁国事衰微之机，聚众建国自立，不奉天朝正朔为主，实乃大宋的叛逆。若不及时将他们清除，各地乱民将纷纷效仿，则会妨碍复国大业。
而一向主战的武臣们则对出兵征剿陈吊眼持反对态度，以为他们虽然自立，却并未奉蒙元为主，而是打着反元的旗号，这正与朝廷相合。朝廷可予以敕封招安，将这支反元力量收为己用，作为来日复国之战的助力，却不是跨海征剿，徒耗军力和钱粮，那样只会助纣为虐。
对于如雪片般的奏疏赵昺却全部压下，未置可否。他清楚文臣们要求清剿陈吊眼，一者是在这局势微妙的时刻表明己方坚决维护朝廷正朔的决心；二者他们从心里还是对陈吊眼这些乱民有提防之心，怕其投靠蒙元，转而对行朝不利。而武人们则没有那么多的花花肠子，一切从实际出发，一者陈吊眼曾助宋军攻打泉州，尚有袍泽情分；二者军中兵丁半数以上为义勇出身，自己去打他们不免有兔死狐悲之感。
现在是军改深化之际，赵昺当然不肯出兵，且自己也早有安排，因此只向几位宰执通报了自己掌握的情况，让他们压下此事，当然他在其中的布置秘而不宣，以防泄密导致事败害了许夫人，更破坏了自己的大计。事实上事务局在陈吊眼起事之前已经联络上了许夫人，不出赵昺所料其还是心向朝廷的，且又得到幼弟的消息自然惊喜不已，对于小皇帝的报恩之举更是感恩涕零，立誓效忠陛下。
八月十五日夜晚，陈吊眼率联军乘机再次突袭漳州城。这次率军进城，守城的元军十有**被杀，陈吊眼军威大振，兵员猛增聚众十万。而许夫人在攻打漳州的战斗中，获得大批武器甲仗的武装，又有精兵相助，其统领的义军自然如虎添翼率先攻入城中，分得了最大的一块蛋糕不说，兵力也暴增到三万之众。
其后忽必烈获知漳州再次失陷损兵惨重的消息后勃然大怒，命高兴在建宁府设立行都元帅进行镇压，又命完者都为镇国上将军福建等处征蛮都元帅，领兵五千与高兴会合。重兵威逼之下，陈吊眼领军退出漳州城返回云霄一带山中结寨五十余凭险据守，以王命号令群雄。