令史俨统三千骑士，到石门护驾。再命李存信、李存审、李思存去梨园寨攻打王行瑜，擒住敌将王令陶等，送到行营。
李茂贞得报大惧，召还李继鹏，把他斩首，传示石门，上表谢罪。又遣使向克用求和。昭宗下令李克用，赦免李茂贞。专讨王行瑜。李克用受命，遣子李存勋回报昭宗。李存勖仅十一岁，状貌魁梧，昭宗叹为奇儿，用手抚顶说道：“儿方为国栋梁，他日要尽忠我家。”李存勖拜谢而还。
昭宗即命克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思存为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张鐇为西面招讨使，共讨王行瑜。李克用上表请昭宗辉京，并愿拨骑兵三千，驻守三桥，护卫京师。
昭宗这才启程回都，宰相孔纬，在途中感冒风寒，随即病死。崔昭纬罢为右仆射，再贬为梧州司马。徐彦若本来是要出镇凤翔，因不得到任，还为御史大夫，并进授同平章事；户部侍郎王搏，也得以入相；崔胤已免复起；京兆尹孙偓，也受命为户部侍郎，一同辅政。相臣四人，一个儿也不少。
昭宗专任李克用，进命他为行营都统，授昭义节度使，李罕之为检校侍中，充行营副都统，且特把后宫中的魏国夫人陈氏，赐与李克用。陈氏才色双全，竟让李克用享受。李克用当然感恩图报，愿尽死力，于是与邠宁兵交战数次，无不奏凯报捷，再令李罕之、李存信等人，急攻梨园，杜绝粮道。城中无粮可食，自然溃散。
李罕之等人纵兵邀击，杀获万余人，擒住王行瑜之子王知进，及大将李元福。李克用又亲自前往督战，王行约、王行实等只得逃去。王行瑜率精骑五千，退守龙泉寨，又飞使向凤翔告急。李茂贞发兵五千前去救援，遇着沙陀将士，好似风卷残云，顷刻四散。
王行瑜弃寨进入邠州，李克用追至城下，王行瑜登城大哭，对李克用说道：“行瑜无罪，胁迫乘舆，皆是李茂贞、李继鹏所为，请公移兵责问凤翔，行瑜愿束身归朝。”李克用答道：“王尚父何必如此谦恭？我受诏讨伐三个贼臣，你名列其中。如果你想束身归朝，我却不敢擅自答应。”
王行瑜知不可免，涕泣下城。过了一夜，挈族出走。李克用入邠州，封府库，抚居民，禁兵四掠，邠人大悦。王行瑜走到庆州境，被部下所杀，传首京师，邠宁告平。李克用回军渭北，昭宗封李克用为晋王，加李罕之兼侍中，以河东大将盖寓领容管观察使，其余李克用子弟及将佐，一同升官。
李克用遣书记李袭吉入朝谢恩，代奏道：“近来关辅不宁，强臣跋扈，若乘此胜势，攻取凤翔，这是一劳永逸的好计。臣今屯军渭北，听旨进止。”昭宗迟疑未决，与近臣熟商。有人说道：“李茂贞一旦覆灭，沙陀更盛。朝廷只是听命于河东，也不是良策。”
昭宗于是赐李克用诏书，褒奖他的忠勇，又说道：“跋扈不臣，惟有王行瑜。李茂贞、韩建，近已悔罪，贡赋相继，暂且休兵息民，徐观他们日后的行为再定。”李克