何必如此猜嫌？”太皇太后也不高兴，赵顼拂袖而去。
过了数日，赵顼又来入见，太皇太后曹氏竟然流涕说道：“王安石必乱天下，这该如何？”赵祯迫于压力，只得说道：“等我找好了接替的人代他为相，就把他外调好了。”王安石自郑侠上疏，就已经请求离位。吕惠卿指使他的党羽变换姓名，每日上书挽留王安石。他听到了太皇太后对赵顼说的话，知道自己已经无法抗拒，更加坚定了离职的决心。
赵顼令王安石举荐贤德之人代替他自己，王安石于是举荐了两人，一个是前相韩绛，一个是吕惠卿。赵顼于是罢免了王安石的宰相职务，改任观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎转而径授吏部尚书之衔。赵顼命韩绛同平章事，吕惠卿为参知政事。
吕惠卿害怕王安石离任后，新法必定动摇，于是遍发书信给各监司、郡守，让他们上书陈述利害向赵顼施压，然后他再从容地请求皇帝下诏，表明始终不因官吏违法而废除新法。因此，王安石新法得到更坚决地推行。
熙宁七年五月，为了在皇帝身边施加影响力，尽管其弟弟馆阁校勘吕升卿不学无术，吕惠卿却依旧推荐他和国子监直讲沈季长一同为崇政殿说书，每每进宫侍讲，吕升卿总舍弃经义不谈，而论钱财货物，赵顼有时问之以经义，吕升卿不能应对，便示意沈季长从旁代为回答。
同年五月，废罢制科，王安石执政时考进士已不考诗赋。王安石认为进士所考与制科无异，不必有制科之试。到吕惠卿执政时，再次提出制科只有记诵，却不深究经义，于是赵顼下诏废罢制科。但是当时的冯京却极力反对这项决定，虽未成功，却因此与吕惠卿结下怨恨。
赵侠见状，再次上疏抨击，他选了唐朝的魏征、姚崇、宋璟、李林甫、卢杞的传记，画成两幅，名为“正直君子社稷之臣图”、“邪曲小人容悦之臣图”，认为当政的吕惠卿之流，暗合林甫之流。而反于姚崇、宋璟之辈。吕惠卿大怒，命中丞邓绾、知制诰邓润甫惩治他，郑侠被谪放至汀州。郑侠行到太康的时候，吕惠卿又罗织罪名，想致之死地，赵顼说道：“郑侠所言，非为他自己，忠诚也是可嘉，岂能加重罪。”于是移徙英州。
三司使曾布，与吕惠卿往日有怨，又因玩提举市易司吕嘉问恃势上陵，于是上奏言说道：“市易法害民，吕嘉问更是贩盐鬻帛，贻笑四方。”赵顼疑惑不定。吕惠卿得知，即刻弹劾曾布阻挠新法。于是曾布和吕嘉问都被迁升外调。
吕惠卿又采用弟弟曲阳县尉吕和卿的计谋，制定五等丁产簿，让百姓自报家财，连一两只家中禽畜都不许遗漏。还允许他人告发隐瞒家产者，用被告者
财产的三分之一充赏告发的人，百姓不胜其困。又靠保甲正长发放青苗钱，还让保甲内的人一同前往官府认领，不得遗漏一人，以至于上下骚动。
同时利用郑侠一案，吕惠卿又乘机构陷曾阻挠自己废罢制科的冯京和当面侮辱过他的王安国，让他们都因此