是此事被吕惠卿得知，于是上奏称王安石假传圣旨，欺君罔上，以及王雱陷害他的情况。赵顼于是拿给王安石看，王安石自然为儿子辩解。
王安石回家之后，急忙询问王雱。王雱也没有抵赖，还说必须把吕惠卿弄死，才能泄心头之恨。顿时父子争执不休，大吵一场。王雱因此郁郁成疾，突然得病，很快丧命。王安石悲痛欲绝，多次请求解职。
御史中丞邓绾担心王安石一离开，自己必然会失势，于是力请慰留王安石，在京师赏赐府邸给他。赵顼心滋中不悦，转问王安石。王安石看出赵顼的心意，当即奏道：“邓绾为国司直，却替宰臣请求恩赐，大伤国体，应当问罪远斥。”赵顼于是责备邓绾论事荐人，不守本分，降他为虢州知州。
王安石继续申请辞职，赵顼见他去意已决，也就答应了。赵顼让王安石以使相的身份，出任江宁府通判，接着又改为集禧观使。王安石退住金陵，往往写“福建子”三字。福建子是指吕惠卿，有时也直说吕惠卿误我。
吕惠卿再攻击王安石，呈上王安石的私书，有无都要让皇上知道，里面还有不要让齐年知等语。赵顼得知齐年二字，是指冯京，冯京与王安石同年。自从赵顼看到此书，这才认为冯京是贤人，于是召他知枢密院事。又因为王安石的女婿吴充，素来中立，不依附王安石，特擢升为同平章事。
吴充于是请求乞召回司马光、吕公著、韩维，并举荐孙觉、李常、程颢等数十人。赵顼于是召吕公著知枢密院事，又任命程颢判武学。吕公著字晦叔，是吕夷简的第三个儿子。
吕公著从小好学，以至废寝忘食。父亲吕夷简对他器重惊异，说道：“他今后必定能为王公辅臣。”后来因恩荫，补任奉礼郎，进士及第，召试馆职，没有赴任。不久他外出通判颍州，与知颍州欧阳修结为讲学之友。后来欧阳修出使契丹，辽国皇帝询问宋朝有学问“德行之士，欧阳修首先以吕公著回答。
宋仁宗奖许他淡于名利，赐给他五品官服。寿星观营造真宗神御殿，吕公著说道：“先帝已经有三神御殿，但不停地建立，岂不是祭祀没有丰厚父庙之义。”进官知制诰，他三次上疏辞谢。改任天章阁待制兼侍读。
宋英宗亲政，加吕公著为龙图阁直学士。当时正议论追崇英宗生父濮王赵允让，有人建议称呼濮王为皇伯考，吕公著说道：“这是真宗称呼太祖的，怎能施于濮王。”等到下诏称亲，而且分赐讳号，吕公著又说道：“称亲则有两个父亲的嫌疑，濮王讳可以避于陛下面前，不应与七庙同讳。”吕诲等人因此事被调离朝廷，吕公著说道：“陛下即皇位以来，纳谏之风没彰扬，多次贬退谏官，何以风示天下？”英宗没
有听从。吕公著便请求补外任，英宗说道：“学士为朕所器重，怎能离开朝廷？”吕公著一直请求，被外放为知蔡州。
赵顼即位，召吕公著为翰林学士、知通进银台司。当时司马光因论事被解除御史中丞之职，回到经幄。吕公著封