希望仰承天威，俯身斟酌时事的变化，替社稷至为计议。”被任命为龙图阁待制、秦州知州。
宋哲宗即皇帝位，高太后召吕大防为翰林学士、权开封府。有僧人欺骗百姓骗取资财，因而诉讼到朝廷。验证得到实情，命令拘系成立狱案，就在僧人住所施以杖刑，其他怀藏奸心的人都逃走。
吕大防曾奉命相伴辽国的使者，辽国使者狡黠，说话很多涉及到朝廷。吕大防秘密揭发他的隐秘之事，诘问辽国使者说道：“北朝考试进士《至心独运赋》，不知此题出自什么书？”使者仓猝惊诧，不能对答，从此不敢再口出傲慢之词，
元祐元年(，他被授予尚书右丞，进中书侍郎，封汲郡公。西边停止打仗，青唐羌认为中国怯懦，派大将鬼章青宜结进犯边境。吕大防命洮州众将乘机致讨，活捉了鬼章青宜结。元祐三年，吕公著年老致仕。高太后想要把他留在京城开封亲手写信密访至于四五次，越级提拔吕大防为尚书左仆射兼门下侍郎，提举修撰《神宗实录》。
吕大防见宋哲宗年纪日大，每天以进学为急务，请敕令讲读官取宋仁宗御书解释呈上，放在宋哲宗座位右边。又摘录乾兴以来足以作为劝戒的四十一事，分为上下两篇，标题叫《仁祖圣学》，使宋哲宗有欣慕不满足的想法。吕大防因为极力反对新法深得高太后欣赏。高太后一死，他自然失宠。
这时，李清臣说道：“变更先帝法度，虽说不能无罪。这些人大多是累朝元老，如果依从章惇的话，恐怕大过骇然听闻，应当从宽为是！”哲宗点头赞同。原来李清臣本想当宰相，但是章惇被起用，相位被他夺去，心有不甘，所以故意反对章惇。哲宗于是颁诏道：“大臣朋党，司马光以下，各以轻重议罚，余者不问，特此布告天下。”
章惇又举荐吕惠卿，哲宗命他知大名府，章惇不以为然。监察御史常安民上奏道：“北都重镇，吕惠卿不能胜任。试想吕惠卿由王安石举荐，后来他竟然背背叛了王安石。待友如此，事君可知。今已颁诏命，他必来请对，入见陛下。臣估计他将泣述先帝，感动陛下，希望留京。”哲宗也似信非信。
吕惠卿到京，果然请对，果然述先朝之事，作疼哭涕泣之状，哲宗正色不答。吕惠卿只好辞退，出京赴任。章惇听说了此事，暗中怨恨常安民。刚好常安民又弹劾蔡京、张商英，接连上奏。最后竟然斥责章惇专权培植党羽，乞求收回权柄，以抑制奸臣。