门羽客、通真达灵元妙先生，并赐金牌，可以随时出入皇宫大内。政和五年，赵佶又修筑通真宫，赐给林灵素居住。
赵佶后来又做了一个奇怪的梦，梦中太上老君对他说道：“你的宿命，便是要光大道教！”赵佶把这个梦告诉了林灵素。林灵素微笑着听赵佶说完，就告诉赵佶道：“陛下本来就是神宵玉清王下凡，号长生大帝君。自然肩负着光大道门的责任！”
林灵素还说赵佶的宠妃刘氏为九华玉真安妃，宠臣蔡京是左元仙伯，一众大臣都有相应仙号。赵佶大喜，封自己做了“教主道君皇帝”。从此道教成了国教。林灵素根据情势，说蔡京是天上神仙下界，但是内心对蔡京并不感冒。
他在太清楼下侍宴，看到罗列着苏东坡、黄庭坚、秦观等人的元祐党碑，当即稽首下拜。赵佶感到奇怪，问他这是什么缘故？林灵素说道：“这碑上之人都是天上星宿，不可冒犯神仙。”还即席作了首诗：“苏黄不作文章客，童蔡翻为社稷臣。三十年来无定论，不知奸党是何人。”赵佶听了，随即下诏毁掉石碑，并把这首诗转给蔡京。
元祐党碑正是蔡京的杰作，更何况林灵素诗中有讥刺之意。这种打脸的行为，蔡京自然“是可忍孰不可忍”，从此对林灵素恨之入骨。
赵佶又采纳林灵素的建议，新建宝菉宫、太乙西宫、建仁济亭施符水，开神霄宝菉坛。赵佶还诏命天下的天宁观改为神霄玉清万寿宫，没有道观的用寺庙代替。并设长生大帝君、青华大帝君像。
京城神霄宫建成后，赵佶率蔡京和群臣庆贺。早斋罢，赵佶引百官游观，忽然吟出一上联：宣德五门来万国。蔡京等沉思许久，不能回答。赵佶就问林灵素道：“你能对否?”林灵素应声而答道：“神霄一府总诸天。”赵佶大喜。
林灵素遵赵佶的圣旨修道书，改正诸家醮仪，校对《仇丹经灵篇》，删修注解。每遇初七日，他就升座，座下都是宰执百官、三衙亲王中贵，观看的人众多，他讲说《三洞道经》。京城士民由此开始信奉道教，林灵素出尽风头，蔡京等失尽面子。
蔡京根本不被林灵素放在眼里。比蔡京更有来头的佛祖、菩萨，林灵素也没当回事。他获得赵佶的信任后，便一力撺掇赵佶灭掉佛教。道教教主赵佶在他的怂恿之下，悍然决定灭佛，下令将佛教纳入道教，佛祖改称为天尊，罗汉、菩萨改称为大士。和尚改称为德士，尼姑改称为女德。佛教不能作为一个独立宗教存在，传播了近千年的佛教，差一点因为林灵素泄愤而亡。
林灵素在得势之时，门徒达到上万人，他是道教神霄派的创教祖师之一，被赵佶称为聪明神仙。
赵佶曾经对林灵素说道：“朕昔日到青华帝君处，获言改除魔髡，这是何意？”林灵素于是说是佛教害道，当今虽不可灭，合当
改正。此事却惹怒了皇太子，于是上殿和林灵素争论，皇太子命令胡僧十二人、五台山僧人道坚等二人与林灵素斗法。结果僧人大败