子，改为定王赵桓、嘉王赵楷的侍读。宣和元年，赵桓奏称耿南仲已讲完《孟子》，请求让耿南仲讲《诗经》，获准。耿南仲在东宫十年，为赵桓做了十五年的劝讲官。后来，他父母也得到下敕追赠。
赵桓厌恶太傅王黼，王黼秘密谋划让得宠的皇子当时改封郓王的赵楷夺嫡。赵桓儿子赵谌被任为节度使、封崇国公，王黼认为赵谌仅可当观察使，对赵桓说“皇孙不同于皇子”，召耿南仲到府第，指使他代东宫起草代赵谌辞官的奏章，使得赵谌没有被任官，意图以此动摇赵桓的地位。
宣和七年十二月，赵佶要内禅给赵桓，赵桓坚决推辞，这时赵桓得了病，出卧福宁殿，宰相百官排队等候，到了黄昏，也不敢退走。宰相李邦彦说道：“皇太子素亲耿南仲，可召之入。”耿南仲与门下侍郎吴敏到殿中侍疾，视赵桓就医用药至夜半，赵桓稍醒。次日一早，赵桓即位，拜耿南仲资政殿大学士、签书枢密院事。靖康元年正月，免去签书之职。因耿南仲是东宫旧臣，礼敬尊重他，赐宅一区。
金朝入侵，尚书右丞李纲、燕山府路提举常平沈琯同赴东府去见枢密耿南仲、李棁等商议抗敌。前知严州李邈上御敌之策，赵光义以为然，但因耿南仲主和，就没有了结果。二月，赵桓罢了主战派李纲尚书右丞、亲征行营使之职，太学生陈东率诸生数百人伏于宣德门下上书请求任用李纲、河北河东宣抚使种师道，在上书中称“吴敏、耿南仲必与李纲共事”。
赵佶派吴敏、耿南仲初，慰谕他们称已宣旨召李纲。众生要耿南仲帮忙进言，担心耿南仲使诈，于是簇拥其马，耿南仲直接入朝。太学生杨诲也上书请求主战，说“以吴敏之炼达、耿南仲之老成，将欲建功，何有不济！”耿南仲指称陈东等为李纲所指使，建议逮捕涉事数人下御史府，钦宗不从。
三月，赵桓升耿南仲为尚书左丞。先前出逃的太上皇赵佶将要回京，宰相们在延和殿奏事时，耿南仲商议屏去李复左右。李纲说耿南仲不以尧、舜之道辅佐，是暗而多疑。赵桓只是笑，耿南仲愤怒。退朝后，赵桓召对耿南仲、李纲等于睿思殿，赐茶完毕，耿南仲突然起身说道：“臣刚才在百官队伍中看到了左司谏陈公辅，他是李纲结连士民伏阙上书之人，岂可为谏官？请求下御史狱对质。”
赵桓感到愕然，李纲说道：“臣与南仲所论是国事，南仲却说这话！愿因陈公辅事被下吏问讯。”赵桓不认可耿南仲所奏，但耿南仲仍坚持。李纲因而请辞，赵桓不答应。四月，赵佶回京，在耿南仲建议下，赵佶左右内侍十人被贬黜。同月，赵桓以时任中大夫尚书左丞的耿南仲，为门下侍郎。