入朝内。第二年春天，上朝议事。赵构说道：“召你入朝任职的时候，恰是张浚已去职，赵鼎还未来之时，是我亲自提拔你的，并非什么人建议。”王庶闻言，慌忙叩头谢恩，感激涕零。因此上奏说道：“恢复我大宋北部半壁河山的大功，十年未就，失误在于偏听偏信。在于性急，欲速则不达；在于轻易赐爵封赏，是非、邪正混淆。真正能做到有功就赏，有罪必罚，谁人不服？过去汉光武帝以武力能夺取天下，是因为他不到万分紧急时，不会掠夺百姓。不懂军事的人，不令其带兵打仗。”他又口陈手画陕西、四川两省的重要性，请派重臣予以防守。赵构大喜，当天就提升王庶为兵部尚书，过了月余，又拜他为枢密副使。
朝廷商议要派一名重臣巡视边疆防务，赵构于是命王庶措置江、淮边防。京、湖宣抚使岳飞听到王庶巡视边防，就送书信说道：“若不叫我出师北伐，那么我就要交回宣抚使的节印，归家赋闲去了。”王庶深为岳飞的壮志感动，巡边回朝后，极力论说金人狡诈，私自背弃盟约；又汇报了岳飞要求出师北伐，否则便交回节印之言。
秦桧再任丞相，以与金人议和为朝廷的要务，而且金国还派来了使臣乌陵思谋，因此才请赵构下诏催促王庶还朝。王庶极力论说和议的错误，请求朝廷诛杀金国使臣，其言十分恳切。金国派使南来，许愿只要议和，可以割让土地，归还赵佶的灵枢和太后。王庶说道：“和议的事情，我不知有什么好处，金人的许愿，我也不敢相信。”他因与秦桧意见不合，累次上疏请求离职，于是被罢为资政殿大学士，出知潭州。李纲在福州，张浚在永州，也先后上疏，请求拒绝和议，但都没有得到回报。
当时岳飞已经奉诏回到鄂州，上奏说道：“金人不足信，和议不足恃，相臣谋国不臧，恐怕贻讥后世。”这话自然是指斥秦桧，秦桧当然痛恨不已。绍兴九年正月，和议已经谈成。赵构下诏大赦，赦文到了鄂州，岳飞又上疏力谏，说道：“愿策全胜，收地两河，唾手燕、云，终欲复仇报国，誓心天地，尚令稽首称藩！”秦桧见了，更加愤恨，于是视岳飞为仇。赵构升岳飞开府仪同三司，岳飞极力推辞。赵构奖勉再三，岳飞方才受命。
史馆校勘范如珪，见金人已归还河南之地，于是上疏请求速派谒陵使，上慰祖灵。赵构便派遣判大宗正事赵士褒，以及兵部侍郎张焘，赴河南修奉陵寝。秦桧因为范如珪没有先告诉自己，将他罢免，命王伦为东京留守，周聿为陕西宣谕使，方庭实为三京宣谕使。
王伦至汴，金人归还了河南、陕西地，由王伦接收。方庭实到了西京，看见先朝陵寝，都被发掘，哲宗陵更是已暴露。方庭实于是解衣覆盖
，回来告诉了赵构。秦桧因此也嫉妒方庭实，另派路允迪为南京留守，孟庾兼东京留守，李利用权留守西京。权吏部尚书晏敦复，反对秦桧。秦桧以利禄为饵，晏敦复却说道：“性同姜桂，到老愈辣，请你不要再说了。”秦桧被拒绝，就在赵构面前进谗言，将他出知衢州。