宗闵、父亲杨震和母亲都死于国难，杨存中封王之后，请示朝廷，分别赐祖父、父亲谥号为“忠介”、“忠毅”，分赐庙额为“显忠”、“报忠”。他又请求设置家庙、祭器，朝廷打破旧制，允许他祭祀五代。他的祖母刘氏流落川、陇，杨存中日夜祈祷寻访，间关阻隔数千里，终于将其迎回。
当时金主完颜亮有南侵的意图，杨存中进呈备敌十策。步军司统帅赵密暗中谋划夺取杨存中兵权，指责杨存中是喜功生事。杨存中听说后，上奏请求免职，赵密最终取代了他。不久，边防风声日益紧急，赵构又诏令杨存中任御营宿卫使。刘汜在瓜洲战败，朝廷命令杨存中前往京口，作为守江之计。虞允文从采石来同他会合，杨存中同他齐心协力抗拒敌人。
他和虞允文临江阅兵，命战士试船于中流，战船往来如飞。完颜亮来到瓜州，命部众持弓射船，船疾箭慢，都不能射中，众人都很惊愕。完颜亮狞笑着道：“恐怕是纸船。”话音刚落，有一个大将跪奏道：“南军已经有防备，不可轻敌，陛下不如回驻扬州，徐图进取。”完颜亮怒叱道：“你敢慢我军心？”喝令左右，把该将杖责五十，随即召集诸将，限令三日渡江，否则全部斩杀。
自从此令一下，军士都有变心。骁骑高僧想诱人逃走，被完颜亮察觉，命人将高僧乱刀分尸。他又下令军士逃走，就杀头目，头目逃走，就杀总管。众军听到这道命令，更加惶惶不安。完颜亮又运来鸦鹘船到瓜州，约定次日渡江，敢后退者，一律斩首。金军军中于是私自会议，想出了一条最后的计策，和浙西都统制耶律元宜等人商议。
耶律元宜问明计议，大众齐声道：“宋军守住了淮渡，如果我们渡江，个个会被擒。近来听说辽阳新天子即位，不如共行大事，然后全军北回，免得一起死在江南。”耶律元宜迟疑半晌，才问道：“诸位真的齐心吗？”众人应声说道：“大众同心。”耶律元宜于是说道：“既然已经齐心，事不宜迟，明晨卫军换班，立即行事。”众人齐声应承。
到了次日早晨，耶律元宜即汇合各将，一齐攻打完颜亮的军营。完颜亮正驻守龟山寺，听到动静，还以为是宋兵突然杀来，即令近侍大庆山去召军士迎敌。大庆山刚要出去，忽然有一支箭射来，被完颜亮接住。他一看箭杆，不禁大骇说道：“这箭是我军所射，并不是宋军的。”话音未落，就听到外面喧噪道：“速杀无道昏君！”大庆山大惊失色，连忙对完颜亮说道：“事急了，请陛下快快离开！”