经全部被逐出，而韩仲通却被单独留下；刘宝总领京口，任意殴打、克扣士兵，抗拒命令不分兵戍防。二人于是各自获罪被罚。汤思退专权的时候，陈俊卿说道：“冬天没云而雷鸣，是指责宰相上不合天意、下不满足人望。”赵构这才下诏罢免了汤思退。
当时金国毁盟入侵之势态，已经非常明显。陈俊卿上疏举荐被闲置的张浚，但奏疏没得到回音，他于是请求入宫召对，向赵构竭力陈说利弊。赵构才开始醒悟，派张浚出守建康府。陈俊卿又说道：“内侍张去为暗中阻止出兵，并陈述躲避敌人的计谋，动摇已定下的计划，请按军法应该论处。”赵构对陈俊卿说道：“你可以说是仁者中的勇者了。”旋即被任命为兵部侍郎。
完颜亮率军渡过淮河，陈俊卿受命整顿浙西水军，李宝凭借浙西水军的力量取得了陈家岛海战的胜利。完颜亮死后，赵构命陈俊卿治理淮东堡砦的屯田，对所过之处的流民加以安抚。完颜雍刚即位时，派使者向宋议和，朝臣多附会同意和议。陈俊卿上奏说道：“和议，本是不得已的事情。如果把得到过去的疆土当作实利，那么得到了也未必能够守住，这也只是一纸空文。如今不如先端正名份，名份正那么国家威强，岁币就可以减少。”陈俊卿于是陈述选将练兵、屯田减租的策略，建议挑选文臣中有胆略的人为参佐，让他们考察军政，学习军务以储备将才。
孝宗即位后，陈俊卿便上书说道：“治国的要领有三方面：用人、赏功、罚罪，这些方面之所以能推行下去，就在于公正而已，希望陛下留意。”当时孝宗立志收复失地，把天下大事交付张浚。因为陈俊卿忠诚正直、沉稳有谋，孝宗派他充任江、淮宣抚判官兼管建康府事。
陈俊卿上奏说道：“吴璘孤军深入，敌人全军抵御，以致久久不能攻下，这是危险的策略。两淮的形势已很危急，应分别派遣水师直捣山东，金人必然回师自救，吴璘就可以乘胜夺下关中。我军等金军未到，先击溃其腹心力量，这是非凡的功劳。”可是这时主和的呼声很高，孝宗命吴璘班师，也召回陈俊卿。陈俊卿上奏十事：制定规划，振兴纲纪，劝勉风俗，严明赏罚，重视名份，遵从祖宗之法，蠲免无名之赋。
隆兴元年，孝宗建立都督府，陈俊卿被拜为礼部侍郎、参赞军事。张浚计划大举北伐，陈俊卿不同意。正遇谍报说金军聚粮于边境，诸将认为金军在冬季一定进军，应在金军行动前发兵，张浚便向朝廷请求北伐，宋军初战告捷，相继攻克灵壁、虹县等地，但不久便在符离之战中大败，陈俊卿也退守扬州。
张浚上疏待罪，陈俊
卿也请求一同受罪，孝宗下诏将其各降二级。谏官尹穑附会宰相汤思退，认为应罢除张浚的都督之职，改为宣抚使，管理扬州。陈俊卿上奏说道：“张浚果真不可以用，那么就应该另选贤将。如果想责令他以后建立功绩，就请降他的官级以示惩罚。今天削去他的都督重权，置于扬州死地。如果他请求拜见皇上，台谏官加以阻拦，张浚所有的人情都失