求从今免去进呈皇上过目的程序。”孝宗下令遵从。
留正为中书舍人兼侍讲，兼权兵部侍郎，被拜为给事中。张说的儿子张荐前往视察镇江的战船，他却倚仗权势到处游玩，造成船沉士兵溺死，朝廷要任他为知门事、枢密副承旨，留正却驳回了朝廷的谕旨。洪邦直被拜为御史，留正说道：“洪邦直被邑人所诉讼，不宜任风宪之职。”
留正兼代吏部尚书时，他说道：“用人没有先于考虑宰相的人选的。陛下的志愿在于恢复国土，而宰相之位不能担当起辅佐襄赞之重任。希望精选人才，与之图谋大计。”当时的宰相自然很不高兴，于是留正以显谟阁直学士之职出任绍兴府知府。
不久，留正被提为龙图阁直学士、四川制置使、兼任成都府知府。他使四蜀折租价得以稳定，每年减去酒税三十八万。羌族首领奴儿结渡过大渡河，占据安静砦，侵占了几百里的土地。留正秘密授给各将方略，抓住了奴儿结，把他的同伙全部捕俘，羌族被平定。留正在蜀的时候，以简单、朴素教化百姓。他回朝的时候，只装有几竹箱书，人人都很敬服他。不久后，他就被任命为右相。
光宗即位后，主管左右春坊的姜特立随着光宗的恩宠被提为知门事，其声势更加兴盛。留正却列举出他揽权预政的罪状，请求将他加以责斥驱逐，光宗心中犹豫未决。正好副参知政事一职空缺，姜特立想拉拢留正，去拜见他说道：“皇上由于你在右相位很久了，想提你为左相。叶翥、张木匀应当要选一人为执政，不知哪个人在先？”留正当即去奏告了光宗。光宗大怒，令姜特立提举兴国宫。孝宗听说此事后，说道：“这才是真正的宰相。”
绍熙元年，留正升为左丞相。留正严格执法，爱惜名声与才能，一丝一毫都不以私情干扰。他引荐赵汝愚，先是他的部属，后来与他一同执政。留正选用黄棠为皇子嘉王的助手，世称真正得到了人才。嘉王感染疾病，留正说道：“陛下只有一个儿子，隔绝在宫墙外不方便，应早日确定他的太子之位，入居东宫。那样一来，陛下与太子朝夕相见就很方便了。”他又上奏说道：“太子，是天下的根本。《传》说：预备立太子，就是重视宗庙国家。汉文帝即位，就立太子。本朝皇子为嫡长子，也有没出门而被立为太子的。嘉王既为嫡长子，出门也很久了，应该早日立他为太子，以安定天下的人心。”过了一个月，却没有回音。留正检阅《汉文帝纪》以及本朝真宗立仁宗为太子的事例，以及吕诲、张方平两人的奏札，摘节他们奏札中重要的话写成奏章呈上。
光宗身体不适，宫外议论纷纷，留正与同僚间或到福宁殿奏事，处理事情十分合宜，人心得以安定。留正被封为申国公。光宗的病慢慢好了，留正请求归还皇上执政权，未得到批准。留正统帅蜀地的时候，考虑到吴氏世代为将，想设法换掉他。这时，朝廷也有意见更换蜀帅，留正说道：“西边三位将领，只有吴氏世袭兵权，号称‘吴家军’，他们不知道还有朝廷。”于是以户部侍郎丘宗山代理其职。吴挺死