朝廷这才特赐周敦颐谥“元”、程颢谥“纯”、程颐谥“正”。魏了翁进一步为张载请谥，并请将四人从祀孔庙，朝廷随后又特赐张载谥“明”，但没有同意将四人从祀于孔庙。如此一来，极大地提高了理学派声望，为以后理学取得独尊的地位奠定了基础。
嘉定九年，魏了翁一度以路级监司官代理本路的遂宁府知府。嘉定十四年，朝廷提升魏了翁任潼川路提点刑狱公事。在这十五年期间，他历任转运判官、直秘阁官、秘书监官等职务。治绩大著，有口皆碑。赵昀即位后，时事多变。魏了翁积忧成疾，三次上奏要求隐退，都没有被批准，还出任起居郎。那时，因“雷声非时”认为异常，赵昀心神不定。魏了翁入对，阐述理学与政见，指出“心”的作用。并为赵昀谋求久安长治计策，劝他公正听取不同意见和一视同仁地看待人与事。
被废黜为济王的赵竑暴死，因为赵昀是由史弥远擅自扶立，而原皇子赵竑则是被矫诏废掉。史弥远一直视赵竑为眼中钉，所以负责治丧的官员行事潦草，下葬的仪式也不符合规格，一时流言四起。魏了翁每每请见赵昀，都进谏请他宽宥人伦，厚葬赵竑，从而平息传言。朝中大臣只有魏了翁与洪咨夔、胡梦昱、张忠恕引经据典，直言诤谏，而魏了翁更是愤懑以病请辞。
右正言李知孝弹劾胡梦昱，使其被贬岭南，魏了翁为其饯别。李知孝便指责魏了翁首倡异论，准备上书弹劾，史弥远却特别表示宽容。没过两天，谏议大夫朱端常便弹劾他欺世盗名、朋邪谤国。朝廷便把魏了翁削官三等，贬到靖州居住。不久，魏了翁再入朝，史弥远想要拉拢，他不与苟同。于是魏了翁一直按部就班地升迁，并未官居要职。在三年时间里，他的足迹遍及大江南北。魏了翁勤劳恭谨，全身心传授理学知识，并著《九经要义》，总共二百六十三卷。
绍定四年，魏了翁复职，主管武夷山冲佑观。后来升任宝章阁待制、潼川路安抚使、泸州知州。泸州是一个大藩，控制边境的面积达两千里，但是武备不修，城廓废弛。魏了翁于是奏请修缮泸州的城楼、垣墙和雉堞，并增置军械，训练盾牌手，申明军纪，兴办学校，豁免欠税，恢复社仓，修建义冢，修办养济院。他上任只有几个月，就出现了百废俱兴的局面。
史弥远死后，赵昀亲政，魏了翁被提升为华文阁待制，赏赐了金带。入朝以来，魏了翁见一些高官显贵大权独揽，擅废法纪，目无纲常，致使政权腐败，不可救药。他疾恶如仇，还在应诏赴任途中，给赵昀上疏道：“时政有十弊，建议恢复历来好的传统，以表新兴之大为。”他的整顿朝政十项建议，论述万余言，引事实，切时弊，辩是
非，讲利害。赵昀读毕，深受启发和震动，手拿奏章举读成诵。从此，旧典章都得到了恢复。
端平元年十月，魏了翁任礼部尚书兼直学士院。他忠于职守，纵论政事，体察民情，访问人才，召从臣集议，事情做得认真、扎实，不负众望。回朝六个月，他前后共上奏二十多章，全是当务