多的阵亡者，努尔哈赤还在十六日专门举行了祭奠亡灵的大会。根据《满文老档》之太祖卷十九里的记录，努尔哈赤对浑河北岸八旗步兵败于川东土司兵之事极为愤恨，进行追查，革去了参将拜音达里、游击伊郎阿之职。主要罪状是与川兵相遇时“不战而败走”，批评雅松“率吾常胜之军，望风而走，以失锐气”（《清太祖武皇帝实录》卷三）
秦良玉之父秦葵乃明朝贡生，她自幼接受良好的儒家教育熏陶，从小便其兄秦邦屏和弟弟秦民屏一起读典籍，学骑射。比起兄弟来，秦良玉秉赋超群，文翰得风流，兵剑谙神韵，其父秦葵怃然叹息道：“可惜孩儿你是女流，否则，日后定能封侯夺冠。”秦良玉慷慨朗言：“倘使女儿得掌兵柄，应不输平阳公主（唐高祖李渊之女）和冼夫人（隋明岭南的少数民族首领）。”
万历二十七年（1599）五月，土司杨应龙在播州发动叛乱，在云贵地区烧杀抢掠，时叛时降，出尔反尔。明朝政府多次对其进行招安无效，于万历二十七年末（1599）任命李化龙为四川巡抚，总督川、贵、湖广军务，对杨应龙进行征讨。
秦良玉的丈夫石柱土司马千乘是汉朝“马革裹尸”的伏波将军马援之后，作为地方土司，马千乘以三千石柱兵从征，跟随李化龙讨伐叛军。秦良玉统精卒五百人，自备军粮马匹，与副将周国柱一起在邓坎（今贵州凤岗）扼守险地，持弓援剑杀贼。李化龙对此大为叹异，命人打造一面银牌赠与时年十六岁的秦姑娘，上镌“女中丈夫”四个大字，以示表彰。
万历四十一年（1613年），秦良玉丈夫马千乘因得罪了万历帝派来的监税太监丘乘云，被逮捕入狱，活活折磨而死。二十八岁的秦良玉一下子变成孤儿寡母，她大义为重，接替了马千乘的石柱土司之职，继续为朝廷效力。
浑河之战后，秦良玉亲率白杆兵3000人驻守山海关，天启帝下诏赏秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，授秦良玉之子马祥麟为指挥使。
后永宁土司奢崇明叛乱，秦良玉和其弟秦民屏回乡平叛。天启二年（1622年），奢崇明包围成都，秦良玉奉四川巡抚朱燮元令前去征讨，长驱直入，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏攻克二郎关、佛图关，收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、总兵官，授马祥麟为宣慰使，秦民屏为副总兵。之后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等叛军重要据点，奢崇明兵败自杀。
崇祯七年（1634年），张献忠在四川作乱，攻陷夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。良玉追赶，与马祥麟前后夹击，迫使张献忠退走湖广，而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再度造反，罗汝才率兵攻打夔州，秦良玉的白杆兵夺其帅旗，大败之。
张献忠屠四川，但唯独不敢进犯秦良玉镇守的石柱，而小小的石柱，也因此收留保护了外来避难的十几万难民。
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