医生悬出重赏，继续传旨僧道录司督促全京城僧、道们日夜为田妃诵经，继续命宣武门内天主堂西人传教士和中国的信教男女为田妃虔诚祈祷，而他自己也经常去南宫或去大高玄殿或英华殿拈香许愿……
崇祯皇帝在这样笼罩着愁云惨雾的日子里，陈新甲的问题又必须赶快解决。近半个多月来，有不少朝臣，包括首辅周延儒在内，都上疏救陈新甲。许多人开始从大局着眼：目前对满洲无任何良策，而中原又正在糜烂，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，将会使“知兵”的大臣们从此寒心，视兵部为危途。朝臣中许多人都明白对满洲和议是出自“上意”，陈新甲只是秉承圣旨办事。他们还认为和议虽是下策，但毕竟胜于无策。倘若崇须在这时候将陈新甲从轻发落，虽然仍会有几个言官上疏争论，但也可以不了了之。无奈他想到陈新甲在“奉旨回话”的疏中说出和议是奉密旨行事，使他十分痛恨。陈新甲的奏疏他已经“留中”，还可以销毁，可是如果让陈新甲活下去，就会使别人相信陈新甲果是遵照密旨行事，而且陈新甲还会说出来事情的曲折经过。所以当朝议多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，而且要快杀，越快越好。
到了十一月中旬，刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，都没有可死之款。崇祯将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫正殿，在地上跪了一片。他厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审。不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾。三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”
刑部尚书声音战栗地说：“请陛下息怒！臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪。故臣等……”
崇祯怒喝道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失开封、襄阳，周王与襄王等亲藩七人被贼杀害，难道不更甚于失陷城寨么？难道不该斩么？”
左都御史战栗说：“虽然……”
崇祯将御案一拍，说：“不许你们再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪！下去！”